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[新手求助] 柠檬酸氢根的Gaussian结构优化求助

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本人不是化学专业出身,通过下列语句优化带一个H+的-2价柠檬酸氢根结构,查文献知会端部的两个羧基会优先去质子化,但出来的结构有点奇怪,中间羧基上的氢离子在gaussview中没有判断键连,端部羧基与中间羟基靠近,请问这合理吗?

B3LYP/6-311G** opt freq scrf


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发表于 Post on 2022-10-30 12:27:21 | 只看该作者 Only view this author
这结构没什么奇怪的,这是带电荷氢键。顺带一提(F...H...F)-是目前已知最强的氢键
如果你是研究溶液环境,此体系优化时必须带溶剂模型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-30 14:26:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-30 12:27
这结构没什么奇怪的,这是带电荷氢键。顺带一提(F...H...F)-是目前已知最强的氢键
如果你是研究溶 ...

好的,谢谢。这结果是在加了scrf关键字下得到的

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发表于 Post on 2022-10-30 15:11:03 | 只看该作者 Only view this author
Joceeen 发表于 2022-10-30 07:26
好的,谢谢。这结果是在加了scrf关键字下得到的

这种体系(羧基负离子,尤其还有两个羧基负离子)和溶剂的相互作用很强,光用隐式溶剂模型还不够,最好加几个显式溶剂分子
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-30 16:22:04 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-30 15:11
这种体系(羧基负离子,尤其还有两个羧基负离子)和溶剂的相互作用很强,光用隐式溶剂模型还不够,最好加 ...

哦哦,好的,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-31 08:38:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-30 12:27
这结构没什么奇怪的,这是带电荷氢键。顺带一提(F...H...F)-是目前已知最强的氢键
如果你是研究溶 ...

您好,但是用这个结构去跑分子动力学模拟出现LINCS WARNING,查看pdb文件后发现,H2CA和HCA分子中的质子跑散了,请问这种情况该怎么处理呢?

202210310839271564..png (23.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

202210310839271564..png

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发表于 Post on 2022-11-1 04:42:40 | 只看该作者 Only view this author
Joceeen 发表于 2022-10-31 08:38
您好,但是用这个结构去跑分子动力学模拟出现LINCS WARNING,查看pdb文件后发现,H2CA和HCA分子中的质子 ...

拓扑文件太离谱
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 09:00:24 | 只看该作者 Only view this author

谢谢您的回复,我想再请教一下:我之前是参照您在sobtop官网中的例1“产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件:力常数全基于Hessian计算得到”来得到该体系的top文件,并参照博文“http://sobereva.com/441”计算resp电荷来替换。请问如果该方法不适于用于该体系的话,应该用什么方法来正确获取top文件?

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发表于 Post on 2022-11-2 07:19:06 | 只看该作者 Only view this author
Joceeen 发表于 2022-11-1 09:00
谢谢您的回复,我想再请教一下:我之前是参照您在sobtop官网中的例1“产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件: ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的仔细检查

这种体系根本没必要基于Hessian算力常数,直接用GAFF的参数就完了,免得对量化计算缺乏常识还犯一些低级错误
好好看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-2 08:47:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-2 07:19
按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的仔细检查

这种体系根本没必要基于Hessian算力常数,直 ...

好的,谢谢。

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