计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1732|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] 三片段限制性柔性扫描关键词设定

[复制链接 Copy URL]

58

帖子

0

威望

3501

eV
积分
3559

Level 5 (御坂)

本帖最后由 终_焉 于 2022-11-16 20:21 编辑

如下图所示(结构仅为示意),希望通过ORCA计算出Fragment 3逐渐靠近Fragment 1过程中,Fragment 2的几何构型变化以及该过程的能垒。
ORCA Manual中没有找到多片段扫描的例子,因此参考http://sobereva.com/474,利用dimerscan构建了Fragment 3-Fragment 1不同距离的输入文件。随后进行了以下尝试:

1. 选择固定Fragment 2(已核实原子序号从0开始)结合invertConstraints true对构建的系列输入文件进行优化。结果发现几何优化过程仅包含2步,且优化过程中几何构型没有变化(输入文件关键词如下);
!PBE D3 def2-SVP def2/J RIJCOX OPT NoUseSym TightSCF NoAutoStart MiniPrint NoPop
%geom
  Constraints
    { C 110:130 C}
    end
  invertConstraints true
  end

2. 通过固定Fragment 3和Fragment 1距离最近的4组键长,结合NoUseSym进行优化。
结果几何优化长时间不收敛(PBE超100步),而且结构产生了跳变,与预期不一致(输入文件关键词如下);
!PBE D3 def2-SVP def2/J RIJCOX OPT NoUseSym TightSCF NoAutoStart MiniPrint NoPop
%geom
  Constraints
    { B 200 0 7.4 C}
    { B 200 1 7.2 C}
    { B 220 2 7.6 C}
    { B 220 50 7.7 C}
    end


3. 另外构建输入文件,在Fragment 3和Fragment 1的质心处添加虚原子,扫描虚原子的键长变化。
结果虚原子间距在减小,但是Fragment 3和Fragment 1的相对位置散开了;

以上的尝试都没有取得理想的效果。想请教大家,以上方法能通过调整关键词设定实现Fragment 3和Fragment 1的距离-能量扫描吗?或者还有其他方法吗?





本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 02:14 , Processed in 0.169122 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list