计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2038|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GAMESS-US] Ubuntu下使用ifort编译config不识别的解决方案

[复制链接 Copy URL]

455

帖子

1

威望

2923

eV
积分
3398

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
Ubuntu 20.04
2021-R2,已加载Intel OneAPI compiler和Intel OneAPI MKL。之前在./config步提示输入编译器的时候,输入ifort总提示不识别,然后怎么改config等脚本都不行。

今天终于发现问题在于Ubuntu默认不带csh,而GAMESS-US安装需要csh。于是很多人都顺手
  1. sudo apt install csh
复制代码
了。刚才
  1. file `which csh`
复制代码
追下去看了一下,发现原来是Ubuntu下apt install csh装的c-shell是BSD的,而CentOS等都是GNU的,有大量BSD不支持的GNU extensions,估计是GAMESS的编译用脚本里面哪里用了这些拓展。解决方案是
  1. sudo apt remove csh
  2. sudo apt install tcsh
复制代码
用tcsh代替BSD的csh,重新编译就没有问题了。

评分 Rate

参与人数
Participants 3
eV +10 收起 理由
Reason
常轩豪 + 5 GJ!
zjxitcc + 2 赞!
hebrewsnabla + 3 GJ!

查看全部评分 View all ratings

4289

帖子

4

威望

9538

eV
积分
13907

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

2#
发表于 Post on 2025-1-5 16:24:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-1-5 16:26 编辑

这两天碰到一个集群上的所有子节点系统是Ubuntu,没有csh和tcsh,由于是集群上的子节点,个人运行sudo apt install tcsh不方便,于是我开始折腾自己编译tcsh。。。辛酸。简单记载过程如下,以便后人碰到类似问题可以查到

到如下两个网站上下载ncurses-6.1.tar.gz和tcsh-6.24.00.tar.gz压缩包
https://astron.com/pub/tcsh
https://ftp.gnu.org/gnu/ncurses
版本可以用更新的,但不建议更旧。

编译ncurses
  1. tar -zxf ncurses-6.1.tar.gz
  2. cd ncurses-6.1/
  3. ./configure --prefix=$HOME/software/ncurses6 --with-shared
  4. make -j64
  5. make install
复制代码
在个人~/.bashrc中写ncurses环境变量
  1. export PATH=$HOME/software/ncurses6/bin:$PATH
  2. export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/software/ncurses6/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  3. export CPATH=$HOME/software/ncurses6/include:$CPATH
复制代码
退出重登,使环境变量生效。接着编译tcsh
  1. tar -zxf tcsh-6.24.00.tar.gz
  2. cd tcsh-6.24.00/
  3. mkdir build
  4. cd build/

  5. export LDFLAGS="-L$HOME/software/ncurses6/lib"
  6. ../configure --prefix=$HOME/software/tcsh6
  7. make -j64
  8. make install

  9. ln -s $HOME/software/tcsh6/bin/tcsh $HOME/software/tcsh6/bin/csh
复制代码
注意中间有一行export LDFLAGS不要漏了。在个人~/.bashrc中写tcsh环境变量
  1. export PATH=$HOME/software/tcsh6/bin:$PATH
复制代码
退出重登,使环境变量生效。运行
  1. which csh
复制代码
发现已经有csh,并且在自己编译的路径下。打开gamess/rungms文件,将第一行
  1. #!/bin/csh -f
复制代码
修改为
  1. #!/public/home/jxzou/software/tcsh6/bin/csh -f
复制代码
注意,jxzou是我的用户名,具体路径请根据自己的用户名和安装路径修改。完成,可以在这系列子节点上使用GAMESS。


评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
snljty2 + 5 好评!

查看全部评分 View all ratings

自动做多参考态计算的程序MOKIT

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 19:18 , Processed in 0.156831 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list