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[GROMACS] 求助 molclus 不能计算

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使用molclus 对traj文件进行优化 然后一直卡在这个界面 请问是什么原因

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发表于 Post on 2022-12-6 16:52:08 | 只看该作者 Only view this author
标红的字要一个字一个字的读哦

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发表于 Post on 2022-12-7 00:38:59 | 只看该作者 Only view this author
之前就老有问这个的,于是专门在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)里特意说不要写带w后缀的,结果还是老有人问;后来我都把这段字用红字高亮了,居然还见到N次有人问,不可思议。难不成现在的人默认把没有图标的exe文件都不当可执行文件对待了,或者选择性无视没有图标的exe文件。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 08:59:27 | 只看该作者 Only view this author
xuhj199508 发表于 2022-12-6 16:52
标红的字要一个字一个字的读哦

谢谢 我没仔细读

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 09:00:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-7 00:38
之前就老有问这个的,于是专门在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》(http://bbs.keinsci.co ...

谢谢老师 我没仔细阅读

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 10:43:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-7 00:38
之前就老有问这个的,于是专门在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》(http://bbs.keinsci.co ...

老师 我先用gromacs对冠醚进行了模拟,得到了冠醚的xtc文件,再用vmd转换成xyz文件,去除溶液中的水分子后,得到图中的xyz文件

然后C:\Users\1\Desktop\lty\QQ图片20221207104216我想用molclus找出这轨迹中冠醚存在的不同构象,但是出现了cannot found MOPAC.arc,the task may be failed,看着以前的贴子改了inp,加了环境变量但还是不行,想问问老师是什么原因

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 10:48:59 | 只看该作者 Only view this author
老师 我是先使用gromacs跑了一个冠醚溶液的xtc出来,然后用vmd转换成了图中xyz文件,并去除了水分子,接下来我想使用molclus找出轨迹中冠醚的不同构象,但出现了cannot found MOPAC.arc,the task may be failed,我看了之前的帖子,改了inp,加了环境变量,但还是不行,想问问老师是什么原因

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发表于 Post on 2022-12-7 10:52:52 | 只看该作者 Only view this author
xuan12138 发表于 2022-12-7 10:48
老师 我是先使用gromacs跑了一个冠醚溶液的xtc出来,然后用vmd转换成了图中xyz文件,并去除了水分子,接下 ...

先把你xyz的原子名改成元素符号再说

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发表于 Post on 2022-12-7 11:46:12 | 只看该作者 Only view this author
xuan12138 发表于 2022-12-7 10:48
老师 我是先使用gromacs跑了一个冠醚溶液的xtc出来,然后用vmd转换成了图中xyz文件,并去除了水分子,接下 ...

先了解正规的xyz文件是什么样子
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 14:50:30 | 只看该作者 Only view this author
将xyz修改之后,还是显示cannot found MOPAC.arc,the task may be failed,不知道是什么原因

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 15:00:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xuan12138 于 2022-12-7 15:05 编辑

我发现我把mopac拼错了,老师是不是这样就算运行了,我的轨迹比较多,大概有30万帧,这个可以跑吗,我算了一下大概是10s跑一帧,一共需要大概84小时

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发表于 Post on 2022-12-8 10:07:39 | 只看该作者 Only view this author
xuan12138 发表于 2022-12-7 15:00
我发现我把mopac拼错了,老师是不是这样就算运行了,我的轨迹比较多,大概有30万帧,这个可以跑吗,我算了 ...

是。可
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