使用Autodock vina1.2.3进行大环分子对接时环不能闭合该怎么处理？

LiuSX · 发表于 Post on 2022-12-24 22:39:47

本帖最后由 LiuSX 于 2022-12-25 18:36 编辑

如标题所说，我在使用vina的大环分子（macrocycles）对接功能时遇到问题，对接输出的各个model的环都没有闭合，如图中所示（受体被隐去），两个孤零零的虚原子相隔很远。请问该怎么处理这种情况？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-12-25 14:49:11

上传配体的pdbqt文件

LiuSX · 发表于 Post on 2022-12-25 18:37:38

喵星大佬发表于 2022-12-25 14:49
上传配体的pdbqt文件

老师你好，我已经上传了，麻烦看看能否给点建议

DSMelody · 发表于 Post on 2023-6-13 21:16:21

在官方文档周似乎有相关说明，可以试试看行不行
https://autodock-vina.readthedoc ... ing_macrocycle.html

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[分子对接] 使用Autodock vina1.2.3进行大环分子对接时环不能闭合该怎么处理？