用GROMACS模拟原油-水-岩石三相动力学的问题

faylovesnow

请教各位，想进行原油-水-岩石三相动力学模拟，gromacs适合这类体系分子动力学模拟吗？模拟的大概思路是什么呢？gro、itp文件如何获取呢？谢谢各位。

牧生

非常合适。
原油的成分并不明确，是由很多种烃类，沥青质，蜡质之类组成。为简单起见，你可以直接使用某种或某几种烃类作为油相，当作是原油。top的生成非常简单，http://sobereva.com/soft/Sobtop 可以实现傻瓜化操作。

faylovesnow

牧生 发表于 2022-12-30 21:03
非常合适。
原油的成分并不明确，是由很多种烃类，沥青质，蜡质之类组成。为简单起见，你可以直接使用某种 ...

油相用C7填充即可。水相就是表面活性剂、水和阳离子也好弄。就是岩石表面是用sobtop直接进行获取itp么

牧生

faylovesnow 发表于 2022-12-30 21:25
油相用C7填充即可。水相就是表面活性剂、水和阳离子也好弄。就是岩石表面是用sobtop直接进行获取itp么

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex9

二氧化硅这部分，应该对你很有用，就当它是硅酸盐呗。
如果你要做碳酸盐岩，可以找找碳酸钙的参数。