求助跑了动力学之后我的分子越过真空层跑到了盒子最顶部

吴哥窟 · 发表于 Post on 2023-1-19 13:49:05

是周期性结构的影响吗？请问怎么样可以避免，或者怎么才能让他显示变得正常呢。谢谢大家

风起~ · 发表于 Post on 2023-1-20 10:05:10

加一个墙

吴哥窟 · 发表于 Post on 2023-1-20 14:33:44

风起~ 发表于 2023-1-20 10:05
加一个墙

谢谢风老师！然后可以再请问一下怎么加墙吗，我搜索了一下没找到相关答案。

风起~ · 发表于 Post on 2023-1-20 15:45:36

吴哥窟发表于 2023-1-20 14:33
谢谢风老师！然后可以再请问一下怎么加墙吗，我搜索了一下没找到相关答案。

wall关键词具体搜一下手册吧

乐平 · 发表于 Post on 2023-1-20 17:07:07

其实吧，也许并不是“越过了”真空层跑到盒子最顶部，很可能是最底部的原子由于周期性边界条件显示到了盒子的最顶部。

这种情况完全没必要担心，非常正常。

对于表面体系的动力学，如果不希望出现类似的“跑动”，可以在建模的时候，将模型整体从盒子底部向真空层移动 1 Å 左右

吴哥窟 · 发表于 Post on 2023-1-20 17:37:22

乐平发表于 2023-1-20 17:07
其实吧，也许并不是“越过了”真空层跑到盒子最顶部，很可能是最底部的原子由于周期性边界条件显示到了盒子 ...

原来是这样，谢谢乐老师！我主要是想放到论文里，感觉这样不是很好看！感谢感谢

吴哥窟 · 发表于 Post on 2023-1-20 17:37:52

风起~ 发表于 2023-1-20 15:45
wall关键词具体搜一下手册吧

好的好的，我现在去看看谢谢！

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[Material Studio] 求助跑了动力学之后我的分子越过真空层跑到了盒子最顶部