铀配合物计算时产生异常键长

soda123 · 发表于 Post on 2023-1-21 17:03:28

小弟在计算优化铀与丝氨酸的配合物结构时发现经过几次优化铀与丝氨酸距离越来越远，而且丝氨酸本身的原子也被拆散形成异常键长，还请大家解惑

soda123 · 发表于 Post on 2023-1-21 17:06:28

铀酰离子

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-21 17:44:47

体系电荷设错了。重新数一下体系电荷，设成正确的电荷再跑。
此外三个次要一点的问题：（1）氨基和铀不是这么配位的。仔细看文献里面氨基和铀是怎么配位的，你的初始结构必须画得和文献定性相符；（2）必须加色散校正；（3）建议反复确认这里的羧基是不是应该是脱质子的状态，可能这里的羧基是以羧酸根形式存在并且配在铀上的

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2023-1-22 10:17:15

wzkchem5 发表于 2023-1-21 17:44
体系电荷设错了。重新数一下体系电荷，设成正确的电荷再跑。
此外三个次要一点的问题：（1）氨基和铀不是 ...

你的帖子出乱码了

chands · 发表于 Post on 2023-1-22 10:47:44

北大-陶豫发表于 2023-1-22 10:17
你的帖子出乱码了

本高中生没看见有乱码呀。

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2023-1-22 19:55:15

chands 发表于 2023-1-22 10:47
本高中生没看见有乱码呀。

嗷我现在看也没有乱码了）

soda123 · 发表于 Post on 2023-1-31 20:47:33

wzkchem5 发表于 2023-1-21 17:44
体系电荷设错了。重新数一下体系电荷，设成正确的电荷再跑。
此外三个次要一点的问题：（1）氨基和铀不是 ...

谢谢老师的解答！

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[新手求助] 铀配合物计算时产生异常键长