packmol构建含有有机分子的蛋白体系，能量最小化时报错

sun877469558 · 发表于 Post on 2023-2-15 00:26:20

本帖最后由 sun877469558 于 2023-2-15 00:30 编辑

请问各位老师，在能量最小化时出现Box parameters not found in inpcrd file!是因为什么

本人采用packmol构建了蛋白质为中心的一个球形盒子，放置了20%的正丁醇和80%的水，tleap的时候也没有error，但是进行能量最小化的时候直接就error：Box parameters not found in inpcrd file!
由于报错内容有限，不知道哪个环节出了问题。

sun877469558 · 发表于 Post on 2023-2-15 00:43:29

问题已解决，
需要leap中的set命令添加box信息

例如
> mol = loadpdb my.pdb
> setBox mol "vdw"

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[Amber] packmol构建含有有机分子的蛋白体系，能量最小化时报错

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