Gromacs模拟三元复合物体系做SMD出现报错后中断的问题

李西华 · 发表于 Post on 2023-2-24 12:53:53

各位老师好，学生正在对protac与蛋白形成的三元复合物进行SMD模拟，由于第一次做这方面模拟，所以参考的是此教程并结合论坛的帖子进行学习（http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/05_pull.html）
蛋白质是amber力场，protac是GAFF力场，配体用sobtop生成itp和gro文件，之后组合成复合物gro文件
用VMD检查复合物gro文件发现，选择“not protein”后配体附近有残基（左图为lig.gro），不知道怎么处理，后续也没报错

之后，学生固定了B链，对A链进行牵引，希望得到protac前后力的变化

然后常规加水加离子、最小能量化和npt后，继续输入命令“gmx mdrun -deffnm pull -pf pullf.xvg -px pullx.xvg”后，出现报错后中断运行

这个地方不知道如何理解，我以为是盒子不够大，可能超出盒子的意思，于是查看轨迹

1677213520719.mp4 (1.19 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)
B链确实固定了，但是A链位置没什么变化
下图是pull.xvg，也非常奇怪，应该是逐渐升高后下降才对。请问各位老师，学生在哪一步操作上需要检查的呢？还是哪一步操作有误呢？

李西华 · 发表于 Post on 2023-2-26 20:59:01

有老师可以看看吗

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-2-28 10:11:07

拉伸距离超过了盒子的一半，可以尝试加大盒子在拉伸方向上的尺寸

李西华 · 发表于 Post on 2023-3-1 14:23:44

Lacrimosa 发表于 2023-2-28 10:11
拉伸距离超过了盒子的一半，可以尝试加大盒子在拉伸方向上的尺寸

谢谢老师，学生试试

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