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[Sobtop] 我想问下,用sobtop生成的SO42- .itp文件,O-S-O度为120度

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本帖最后由 小柏桐 于 2023-2-28 09:37 编辑

我想问下,用sobtop生成的SO42-  .itp文件,原子类型为GAFF,参数是从amber力场获取。O-S-O角度为120度,我之前用别的力场都是109度,因为硫酸根是正四面体结构,这120度参数可以用吗?

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发表于 Post on 2023-2-27 22:50:00 | 只看该作者 Only view this author
你既然都有itp了,直接打开itp把参数修改过来不就好了吗?120度肯定不合理呀
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发表于 Post on 2023-2-28 01:42:09 | 只看该作者 Only view this author
自觉交代清楚具体怎么产生的
sobtop又不是像ATB、acpype之类就一种产生方式
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-28 09:37:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-28 01:42
自觉交代清楚具体怎么产生的
sobtop又不是像ATB、acpype之类就一种产生方式

老师,问题已修改,写了怎样产生的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-28 11:01:13 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2023-2-27 22:50
你既然都有itp了,直接打开itp把参数修改过来不就好了吗?120度肯定不合理呀

那这样的话,这个产生的力常数可以用吗?单独改了角度

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发表于 Post on 2023-2-28 13:26:56 | 只看该作者 Only view this author
小柏桐 发表于 2023-2-28 11:01
那这样的话,这个产生的力常数可以用吗?单独改了角度

键力常数对模拟的影响应该挺小的,我了解到的一些SO42-的力场中都是用固定键长,你也可以试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-28 17:12:29 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2023-2-28 13:26
键力常数对模拟的影响应该挺小的,我了解到的一些SO42-的力场中都是用固定键长,你也可以试试

谢谢,我的体系对力场参数准确性要求较高,我意思是角度那块,我把生成的.itp文件单独把角度从120度改为109度,别的不变,对应的角度力常数与109度匹配嘛?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-28 17:27:21 | 只看该作者 Only view this author

用sobtop产生硫酸根的.itp文件,发现角度部分为120度,是产生方法错了吗

产生硫酸根.itp文件时,原子类型用的GAFF(没法指认的自动用的UFF原子类型),产生力场参数用的 是 -从力场库文件中选取合适参数,缺的就猜一个(此模式对于bond和angle项,对于二面角项则将旋转势垒设为0)),最终生成的.itp文件中,O-S-O角度为120度,但是硫酸根角度一般为109度,能直接改.itp文件的角度吗,把120度改为109度,别的不变,用于模拟吗?还是我产生.itp的方法错了?




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发表于 Post on 2023-2-28 17:51:22 | 只看该作者 Only view this author
要求精度就自己基于量子化学优化的结构和Hessian矩阵产生参数,完整把sobtop网页上的教程好好看一遍
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发表于 Post on 2023-2-28 23:44:14 | 只看该作者 Only view this author
小柏桐 发表于 2023-2-28 17:27
产生硫酸根.itp文件时,原子类型用的GAFF(没法指认的自动用的UFF原子类型),产生力场参数用的 是 -从力场 ...

感觉你的用法可能有点问题,我这用没什么问题。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-1 15:07:33 | 只看该作者 Only view this author
Soul 发表于 2023-2-28 23:44
感觉你的用法可能有点问题,我这用没什么问题。

能请教下您是怎样产生这个.itp文件的吗?能发下步骤吗?

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