水中多元酸解离的计算级别合适么？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-3-2 11:42:00

本帖最后由社会主义小战士于 2023-3-2 12:19 编辑

如题。各位大佬，这是我想模拟一种多元羧酸在水中的动力学行为，这是我写的Gaussian 16输入文件，计算的泛函准备选用B3LYP，基组准备用def2TZVP，这样的处理合适么？或者说效率和精度上有没有更好的方案？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-3-2 12:28:49

本帖最后由社会主义小战士于 2023-3-2 12:32 编辑

发现这样的计算级别在Gaussian里提示内存不够！！！
于是转而用ORCA跑（B97-3c），但是ORCA又提示SMD模型搞不了FREQ，心态要崩了

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-3-2 12:31:40

社会主义小战士发表于 2023-3-2 12:28
发现这样的计算级别在Gaussian里提示内存不够！！！
于是转而用ORCA跑，但是ORCA又提示SMD模型搞不了FREQ ...

所以我现在的策略是：
1. 继续使用Gaussian 16，但是降低基组精度；
2. 改用ORCA，去掉SMD Water。
各位前辈大佬们，这样两种方案哪种更合适？
本来的计算目的是为了后续跑MD的。

chands · 发表于 Post on 2023-3-2 13:37:29

社会主义小战士发表于 2023-3-2 12:31
所以我现在的策略是：
1. 继续使用Gaussian 16，但是降低基组精度；
2. 改用ORCA，去掉SMD Water。

基组用6-311+G**就可以了（甚至可以用6-31+G**预优化），用Gaussian可以加一行%mem 指定内存，看你应该用集群算的，否则无法指定36核。

ORCA可以设置SMD，如下：

复制代码

先优化一下，反正你这个结构柔性很大，到时跑MD还有一堆构象呢。

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-3-2 14:25:28

chands 发表于 2023-3-2 13:37
基组用6-311+G**就可以了（甚至可以用6-31+G**预优化），用Gaussian可以加一行%mem 指定内存，看你应该用 ...

谢谢大佬！
但是我在指定SMD跑ORCA的时候，提示Hessian不支持SMD?

chands · 发表于 Post on 2023-3-2 14:27:43

社会主义小战士发表于 2023-3-2 14:25
谢谢大佬！
但是我在指定SMD跑ORCA的时候，提示Hessian不支持SMD?

那就用CPCM吧

复制代码

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-3-2 16:36:28

chands 发表于 2023-3-2 14:27
那就用CPCM吧

这是啥？

chands · 发表于 Post on 2023-3-2 17:44:04

社会主义小战士发表于 2023-3-2 16:36
这是啥？

C-PCM溶剂模型，PCM溶剂模型的一种，没有SMD那么好，但能用，你可以查ORCA 手册implicit solvent model一节。

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-3-2 19:14:54

chands 发表于 2023-3-2 17:44
C-PCM溶剂模型，PCM溶剂模型的一种，没有SMD那么好，但能用，你可以查ORCA 手册implicit solvent model一 ...

感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-3 05:55:51

社会主义小战士发表于 2023-3-2 12:31
所以我现在的策略是：
1. 继续使用Gaussian 16，但是降低基组精度；
2. 改用ORCA，去掉SMD Water。

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

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