文献没有提供的力场参数如何处理

xinyanli · 发表于 Post on 2023-3-7 11:14:37

各位老师好，我想用Sobtop生成碳酸钙的itp文件，但是当我将文献中提供的参数（参数见图）都添加到Sobtop力场库并按照二氧化硅例子的itp文件处理方式生成后，还缺少Ca-O的bond项、O-Ca-O的angle项、O-Ca-Ca-O的dihedral项等等。这些力场参数也没有呀，是可以直接忽略在gmx中跑MD吗？还是要通过Sobtop自己猜一个呢？或者仍需要google找齐这些参数补到itp中才可以跑MD呢？

biogon · 发表于 Post on 2023-3-7 18:05:04

固体我觉得没必要搞什么二面角项，键长键角可以去晶体结构去量，力常数猜一个

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-3-8 11:50:46

可能就是没有的，有些力场单纯靠非键作用就能维持结构了

xinyanli · 发表于 Post on 2023-3-8 14:41:18

biogon 发表于 2023-3-7 18:05
固体我觉得没必要搞什么二面角项，键长键角可以去晶体结构去量，力常数猜一个

但是这样缺参数的话，跑分子动力学不会报错吗？

xinyanli · 发表于 Post on 2023-3-8 14:42:12

Lacrimosa 发表于 2023-3-8 11:50
可能就是没有的，有些力场单纯靠非键作用就能维持结构了

那其他的参数缺了也不需要管吗？结构会不会全跑散呢？

zaqxs234 · 发表于 Post on 2023-3-8 15:43:05

xinyanli 发表于 2023-3-8 14:41
但是这样缺参数的话，跑分子动力学不会报错吗？

不重要的参数都设置为0就不会报错了

confidence · 发表于 Post on 2023-3-8 15:44:01

xinyanli 发表于 2023-3-8 14:42
那其他的参数缺了也不需要管吗？结构会不会全跑散呢？

跑一下不就知道了，花不了半个小时吧（ps:有个朋友跑小分子，用振动分析获取力常数，结果一跑就散，但是让sobtop直接猜就能正常运行）

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-9 17:07:52

晶体体系光靠bond和angle就足矣维持住，二面角项可以无视
缺的bond和angle参数让sobtop基于当前结构直接指定平衡距离并指定默认的力常数就完了

xinyanli · 发表于 Post on 2023-3-10 09:01:51

sobereva 发表于 2023-3-9 17:07
晶体体系光靠bond和angle就足矣维持住，二面角项可以无视
缺的bond和angle参数让sobtop基于当前结构直接指 ...

好的，我试试。谢谢老师

cliuimr · 发表于 Post on 2023-6-2 22:08:57

xinyanli 发表于 2023-3-10 09:01
好的，我试试。谢谢老师

能不能看下私信呀，有事相求~

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