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哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-3-13 08:40:33

本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2023-5-16 17:05 编辑

各位老师好！我想绘制出用Gaussian计算出来的分子振动矢量，根据这个帖子在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)，得知可以用VMD进行绘制，达到发文章的效果。我根据操作步骤，一步一步进行，但是在VMD中运行脚本时，出现报错，不知道哪里出问题了，报错如下：

snljty2 · 发表于 Post on 2023-3-13 09:12:58

脚本足够靠前的位置加一行

unset x

复制代码

。因为VMD 1.9.4自带了一个变量叫x。

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-3-13 09:56:11

本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2023-3-13 10:11 编辑

snljty2 发表于 2023-3-13 09:12
脚本足够靠前的位置加一行。因为VMD 1.9.4自带了一个变量叫x。

谢谢老师的指导！我刚刚去改了脚本，能够成功运行。
冒昧地再向您请教一下，我刚刚用15个原子的结构去运行，能够画出与Gaussview中一一对应的振动矢量。但是我导入一个更大的结构（60个原子），好像数据有所缺失，去查看对应的mode，发现并不和Gaussview中的相同，mode1是虚频所在的方向，是拔氢过程，但是用VMD运行norm 1时，并不是想要的，并且图中还出现了一条很长的黄色箭头，不知道是哪里出现了问题。
（重新上传到了附件）

snljty2 · 发表于 Post on 2023-3-13 11:06:46

哇卡卡卡卡卡发表于 2023-3-13 09:56
谢谢老师的指导！我刚刚去改了脚本，能够成功运行。
冒昧地再向您请教一下，我刚刚用15个原子的结构去运 ...

贴一下你Gaussian的输出文件方便大家判断吧。

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-3-13 14:13:11

snljty2 发表于 2023-3-13 11:06
贴一下你Gaussian的输出文件方便大家判断吧。

好的，老师！附件中是out文件，和用multiwfn软件生成pdb文件

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-13 21:59:49

哇卡卡卡卡卡发表于 2023-3-13 14:13
好的，老师！附件中是out文件，和用multiwfn软件生成pdb文件

没有任何问题
VMD脚本的箭头中央处在原子位置，因此效果会略有不同

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-3-16 09:33:35

sobereva 发表于 2023-3-13 21:59
没有任何问题
VMD脚本的箭头中央处在原子位置，因此效果会略有不同

谢谢sobereva老师的指导！我重新检查了一下，最后成功了

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