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[VMD] VMD如何打开tcl文件

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本帖最后由 HJMLSQ 于 2023-3-13 09:26 编辑

数字岩心专业,突然需要用到VMD也是一筹莫展运行一段代码后,输出结果需要用VMD作图,以下是代码注释:
此代码的输出是TCl格式文件“prefix_network.TCl”
您需要使用VMD(Visual Molecular Dynamics)打开编写的TCL文件
请先在vmd中加载“state.vmd”文件,然后在vmd控制台中键入“source prefix_network.tcl”(但是我运行出的结果为mtsimon-s_network.tcl,应该就是对此文件画图)
我尝试依次打开相应文件,结果如图所示,并没有出现相应的孔隙融合模型
真的是之前没有任何相关了解,导师催的又比较急,所以真的很焦灼,问题可能有点无脑,希望大神们能指点一二

202303130922127374..png (179.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202303130922127374..png

mtsimon-s_network.tcl

1.09 MB, 下载次数 Times of downloads: 23

运行结果

state.vmd

19.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 16

代码压缩包自带

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发表于 Post on 2023-3-13 09:49:38 | 只看该作者 Only view this author
把你的要绘制结构文件(如xyz,pdb等)和你这两个.tcl, .vmd放到你在VMD的console(黑色那个)中输入pwd得到的当前目录下,然后先在VMD的file里找到load visualization state, 然后把.vmd那个文件加载进去,之后在console中source那个.tcl文件就行了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-13 10:04:22 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢,但是这段代码运行结果只包含这个.tcl文件,是不是这样就不能画图呀

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