求助：用alchemical_analysis分析FEP的结果数据无法生成重叠矩阵，收敛奇怪如何处理？

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2023-3-18 21:22:23

体系介绍：我做的是蛋白质和小分子配体结合的FEP，目前是complex的一支。
过程：用GMX程序，使用lambda从0到24，共25个窗口每个进行4ns的模拟mdrun，在此之前做了EM、NPT、NVT，初始构象是共晶结构里提取的。
问题：结合自由能数值和dG与lambda的关系图可以得到且求算得到的ddG正负是正确的与实验差值在0.3kcal/mol左右，但是绘制正向和反向的自由能随模拟时间变化的函数图中耦合与去耦合没有对称，非常杂乱，绘制的重叠分布法也不对，绘制相空间重叠矩阵会报错如图所示命令：alchemical_analysis -p dhdl -u kcal -w。想问下我应该如何解决？增加每个窗口的时间吗？

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2023-3-19 12:12:38

想做的是ddG，相对结合自由能

周子曦 · 发表于 Post on 2023-7-4 14:40:29

你好，我遇见了跟你相同的问题，我想请教一下，您如何处理的

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2023-7-29 10:08:54

周子曦发表于 2023-7-4 14:40
你好，我遇见了跟你相同的问题，我想请教一下，您如何处理的

暂时还没有解决呢

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2023-8-2 10:27:39

这是我的在solvent和complex中的mdp文件，求教。

Jeffrey0521 · 发表于 Post on 2023-8-2 16:16:53

这是solvent中 0~1的gro文件和xtc文件

惠成功QUB · 发表于 Post on 2024-4-10 20:09:55

本帖最后由惠成功QUB 于 2024-4-10 20:12 编辑

Jeffrey0521 发表于 2023-8-2 16:16
这是solvent中 0~1的gro文件和xtc文件

你的lambda0和1两个window之间的差距太大了，所以收敛很慢

惠成功QUB · 发表于 Post on 2024-4-10 20:14:49

为啥用vdwtype=PME，这样vdw还能在GPU上跑吗？

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[GROMACS] 求助：用alchemical_analysis分析FEP的结果数据无法生成重叠矩阵，收敛奇怪如何处理？