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[其它程序] 关于使用xtb在GFN0-xTB下跑动力学化学键断开的问题

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楼主
各位老师大家好!我参考sob老师的教程http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html对我的一个分子使用xtb在GFN0-xTB下跑动力学。初始结构如下图。但是分子开跑以后,原本的羧基会变成CO2离去(有些帧甚至跑的很远),不知道这样的问题该如何解决(由于此时羧基是未质子化的,所以是COO-的形式,我不知道这种情况是否需要设置电荷或者其他呢?我的md.inp文件完全是按照sob老师教程里的),或者这样子断开是否会影响第二步(用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化)呢?谢谢
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发表于 Post on 2023-3-26 02:31:21 | 只看该作者 Only view this author
本来也没很多需要明确考虑的可旋转的键,根本没必要用xtb跑动力学产生初始构象,按下文做才是最好最方便的
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-26 11:28:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-26 02:31
本来也没很多需要明确考虑的可旋转的键,根本没必要用xtb跑动力学产生初始构象,按下文做才是最好最方便的
...

谢谢sob老师,我学习一下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-26 12:33:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xsc6 于 2023-3-26 22:21 编辑

gentor生成构象后优化羧基仍然以CO2形式离去
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-26 21:51:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xsc6 于 2023-3-26 22:19 编辑
xsc6 发表于 2023-3-26 12:33
老师好!我学习使用gentor后,我发现我的分子即使只旋转一个键,所有构象也都无法通过check“All conform ...
可能是半经验方法不够准确,我使用gentor产生了1600个构象后,无论是调用xtb进行优化还是MOPAC,羧基又变成CO2离去了
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发表于 Post on 2023-3-27 00:52:56 | 只看该作者 Only view this author
xsc6 发表于 2023-3-26 21:51
可能是半经验方法不够准确,我使用gentor产生了1600个构象后,无论是调用xtb进行优化还是MOPAC,羧基又变成 ...

对其中一个会离去的初始结构,用DFT做优化看看什么情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-27 00:57:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-27 00:52
对其中一个会离去的初始结构,用DFT做优化看看什么情况

好的,谢谢sob老师,我试试
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发表于 Post on 2023-3-27 01:02:34 | 只看该作者 Only view this author
必须设置电荷。如果不设置电荷,默认电荷为0,那样你算的就不是羧酸负离子而是羧基自由基,因此很容易自发脱羧
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-27 13:38:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-27 01:02
必须设置电荷。如果不设置电荷,默认电荷为0,那样你算的就不是羧酸负离子而是羧基自由基,因此很容易自发 ...

非常感谢,之前可能也考虑到这样的问题,但不是很确定,我加入了charge=-1后,MOPAC跑出来几个结构我看了一眼都正常了 谢谢!
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