CP2K并行速度缓慢，求助帮忙看下如何提速。

star2128 · 发表于 Post on 2023-4-3 08:49:16

我的服务器是两个节点组的小集群，CPU是8375C*2 64核处理器，内存是256G的，CP2k版本是8.2的，这个是买服务器商家用toolchain直接给编译好的，用的cp2k的psmp版本，提交任务是用slurm队列提交的。管理员告诉我关了超线程了，所以提交脚本直接调用的是物理核心，OMP_NUM_THREADS=1，如图1所示。
之前老听别人说cp2k计算如何快，但是我总感觉我的算的没有那么快。学生参加了第一届科音cp2k培训班，回来用cp2k复现MIL125.cif的2*2*2超胞单点能计算，计算方法用的GFN1-xTB，严格按照讲义用Multiwfn生成的inp文件。唯一不一样的是用的服务器不同，cp2k编译方式不同。发现速度远低于sob老师36核机子的计算速度（用时4分钟）。我后来测试了单节点16,32,64核，以及2节点128核，用时均远超4分钟，具体测试结果如图2。请各位帮忙看下，是否有速度提升空间，如何提速？万分感谢

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-3 10:13:53

与其设OMP_NUM_THREADS=1，还不如直接用popt版
确保任务已经确实恰当并行了。可以监控CPU占用，或者看输出文件里显示的并行情况
也可能编译有问题，建议自己编译个2022.2或2023.1。8.1太老了

star2128 · 发表于 Post on 2023-4-3 10:30:38

好的，我按照建议试试去。感谢

abin · 发表于 Post on 2023-4-3 10:47:01

“商家用toolchain直接给编译好”
也许没有针对处理器做编译优化? 猜测....

star2128 · 发表于 Post on 2023-4-4 16:31:18

abin 发表于 2023-4-3 10:47
“商家用toolchain直接给编译好”
也许没有针对处理器做编译优化? 猜测....

版本问题，更新2023版cp2k后，速度是8.2版本的4倍多

star2128 · 发表于 Post on 2023-4-4 16:45:51

sobereva 发表于 2023-4-3 10:13
与其设OMP_NUM_THREADS=1，还不如直接用popt版
确保任务已经确实恰当并行了。可以监控CPU占用，或者看输出 ...

太感谢了，按照建议更新到2023版后，速度提升很显著，之前480s算完，现在100秒左右算完。我现在又有一个新问题了，我用命令mpirun -np 8 -x OMP_NUM_THREADS=8 cp2k.psmp -i cp2k.inp命令行运行任务，此时OMP_NUM_THREADS是生效的，并且测试不同的np/OMP_NUM_THREADS组合，4/16，8/8，16/4，32/2，64/1的用时分别是128s，118s，109s，105s，102s和100s。我用slurm脚本提交任务，OMP_NUM_THREADS无论设置成几，最终运行效果都和OMP_NUM_THREADS=1是一模一样的。请帮忙看下slurm脚本应该怎么写，才能让它生效啊？我感觉如果算原子数小的体系，OMP_NUM_THREADS=1肯定不是最优的。
任务提交脚本就是我这篇帖子中的图1。谢谢啦

paramecium86 · 发表于 Post on 2023-4-4 18:46:59

star2128 发表于 2023-4-4 16:45
太感谢了，按照建议更新到2023版后，速度提升很显著，之前480s算完，现在100秒左右算完。我现在又有一个 ...

我这里测下来的结果（7B13*2）来看就是OMP设置成1最快即使是H2O-32这种20多秒完成的任务也还是纯的mpi运行更快，也就是直接用popt就是最快的了。

abin · 发表于 Post on 2023-4-4 19:05:53

star2128 发表于 2023-4-4 16:45
太感谢了，按照建议更新到2023版后，速度提升很显著，之前480s算完，现在100秒左右算完。我现在又有一个 ...

https://gitee.com/hpc4you/hpc/tree/master/doc
这里的PDF中，
Slurm 自我修养章节看一下，
自己动手。

abin · 发表于 Post on 2023-4-4 19:07:26

paramecium86 发表于 2023-4-4 18:46
我这里测下来的结果（7B13*2）来看就是OMP设置成1最快即使是H2O-32这种20多秒完成的任务也还是纯的mpi运 ...

ssmp
多节点并行的时候，会有点用。

单机跑，没有多大差异。

官方说，OMP THREAD =1
ssmp == popt

乐平 · 发表于 Post on 2023-4-4 19:14:24

abin 发表于 2023-4-4 19:05
https://gitee.com/hpc4you/hpc/tree/master/doc
这里的PDF中，
Slurm 自我修养章节看一下，

链接里有 4 个 pdf 文件，要看哪一个呢？还是说这 4 个版本都要看？

abin · 发表于 Post on 2023-4-4 20:21:53

乐平发表于 2023-4-4 19:14
链接里有 4 个 pdf 文件，要看哪一个呢？还是说这 4 个版本都要看？

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star2128 · 发表于 Post on 2023-4-4 21:54:11

abin 发表于 2023-4-4 19:05
https://gitee.com/hpc4you/hpc/tree/master/doc
这里的PDF中，
Slurm 自我修养章节看一下，

好的，学习学习

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