pcff力场建模导出lammps可读data文件问题请教

xiaoj · 发表于 Post on 2023-4-19 15:48:15

我用ms建立交联聚合物模型，元素包括有C/H/O/Si四种，采用的力场是PCFF。然后将建好的模型导出.car/.mdf格式，用msi2lmp工具转换为data文件，data文件中会缺失一些拓扑参数。
想咨询下各位老师，什么方法能解决这个问题，获得完整的键角参数，从而能够用lammps在pcff力场下做动力学计算。
我在论坛里看过使用vmd，tcl进行转换，但是这种方法得到的键角数量要少于msi2lmp导出的键角数量，所以这种方法得到的结果可靠吗，能用于动力学计算吗。

wildon · 发表于 Post on 2023-4-19 20:32:14

要用的力场是什么，如果是reaxff，有更简单的方法建模

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-4-19 21:11:43

你的交联模型是周期性结构的话，可以将结构导出为cif格式，然后用我们最新开发的AuToFF进行处理：https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... /inorganic-crystals。如果上传的结构识别不了，可能是cif里面的原子名称不太规范，用VESTA打开然后另存一下应该就行。

xiaoj · 发表于 Post on 2023-4-23 16:47:31

wildon 发表于 2023-4-19 20:32
要用的力场是什么，如果是reaxff，有更简单的方法建模

您好。建模和动力学模拟都采用PCFF力场。反应力场下做动力学模拟这个我知道，不需要键角这些参数，确实方便一些。

xiaoj · 发表于 Post on 2023-4-24 07:47:11

slxc920113 发表于 2023-4-19 21:11
你的交联模型是周期性结构的话，可以将结构导出为cif格式，然后用我们最新开发的AuToFF进行处理：https://c ...

这个网站自带的例子都没法打开，特别卡。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-4-24 12:23:14

xiaoj 发表于 2023-4-24 07:47
这个网站自带的例子都没法打开，特别卡。

3d结构显示的原因，浏览器下的渲染性能跟不上，未来会加一个可选项，不显示3d结构

Yusin96 · 发表于 Post on 2023-11-10 10:48:19

wildon 发表于 2023-4-19 20:32
要用的力场是什么，如果是reaxff，有更简单的方法建模

求大侠分享reaxff力场的建模方法

wudiya · 发表于 Post on 2023-11-28 19:39:25

您好，能不能请教一下楼主，我目前也遇见了这个问题，不知道楼主您如何解决的

zsz575409372 · 发表于 Post on 2023-12-5 21:10:36

或许可以使用cvff力场或compass力场吗？

xiaoj · 发表于 Post on 2023-12-8 16:03:57

wudiya 发表于 2023-11-28 19:39
您好，能不能请教一下楼主，我目前也遇见了这个问题，不知道楼主您如何解决的

暂时未解决

xiaoj · 发表于 Post on 2023-12-8 16:07:15

zsz575409372 发表于 2023-12-5 21:10
或许可以使用cvff力场或compass力场吗？

都会有不同程度的缺失，我的模型包括酚醛树脂单链，比如C（酚醛环上的）-C（亚甲基上的）-C（酚醛环上的）这个角参数总是缺失。

lammps发文 · 发表于 Post on 3 day ago

msi2lmp导出data确实会有缺失，再ms软件里做分子动力学，要不就手动补全键角信息。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Lammps] pcff力场建模导出lammps可读data文件问题请教

浏览过的版块