相同编译环境，相同编译命令在不同集群编译 CP2K 2023.01 得到的可执行程序大小不同

乐平

很是诡异，用相同的编译环境 （gcc-9.3, 调用 intel oneAPI 2022.02 的 MKL）

相同的编译命令

1. ./install_cp2k_toolchain.sh --math-mode=mkl --with-gcc=install --with-openmpi=install --with-ptscotch=install --with-superlu=install  --with-pexsi=install  --with-quip=install --with-plumed=install

复制代码

只不过一个集群是 PBS 作业调度系统（我们称它为集群 1），另一个集群是 Slurm 作业调度系统（我们称它为集群 2）。当然，在 open mpi 编译的时候稍稍不同，跳过了 slurm，见 在有 slurm 的集群中编译 CP2K 报错 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com) 里的讨论，但是按理说应该是一样的编译环境，只是注释掉--enable-mpi1-compatibility 额外的兼容性。

最终得到的只编译 cp2k.psmp 版，即 make -j xx ARCH=local VERSION=psmp (xx 是 CPU 核心数，两个集群的核心数不同，这里用 xx 代替）。

有趣的事情来了！

集群 1 的编译结果：

1. total 1.2G
   
2. -rwxrwxr-x 1 huan huan 2.1M Apr 23 12:32 graph.psmp
   
3. -rwxrwxr-x 1 huan huan 112K Apr 23 12:32 memory_utilities_unittest.psmp
   
4. -rwxrwxr-x 1 huan huan 3.5M Apr 23 12:32 parallel_rng_types_unittest.psmp
   
5. -rwxrwxr-x 1 huan huan 1.1M Apr 23 12:32 dbm_miniapp.psmp
   
6. -rwxrwxr-x 1 huan huan 8.9M Apr 23 12:32 dbt_tas_unittest.psmp
   
7. -rwxrwxr-x 1 huan huan  11M Apr 23 12:33 dbt_unittest.psmp
   
8. -rwxrwxr-x 1 huan huan 2.4M Apr 23 12:33 grid_miniapp.psmp
   
9. -rwxrwxr-x 1 huan huan 2.4M Apr 23 12:33 grid_unittest.psmp
   
10. -rwxrwxr-x 1 huan huan  19K Apr 23 12:38 nequip_unittest.psmp
    
11. -rwxrwxr-x 1 huan huan 979K Apr 23 12:38 dumpdcd.psmp
    
12. -rwxrwxr-x 1 huan huan 926K Apr 23 12:38 xyz2dcd.psmp
    
13. -rwxrwxr-x 1 huan huan 548M Apr 23 12:39 libcp2k_unittest.psmp
    
14. -rwxrwxr-x 1 huan huan 548M Apr 23 12:39 cp2k.psmp
    
15. lrwxrwxrwx 1 huan huan    9 Apr 23 12:39 cp2k.popt -> cp2k.psmp
    
16. lrwxrwxrwx 1 huan huan    9 Apr 23 12:39 cp2k_shell.psmp -> cp2k.psmp
    

复制代码

集群 2 的编译结果：

1. total 991M
   
2. -rwxr-xr-x 1 huan users 3.4M Apr 18 20:35 parallel_rng_types_unittest.psmp
   
3. -rwxr-xr-x 1 huan users 106K Apr 18 20:35 memory_utilities_unittest.psmp
   
4. -rwxr-xr-x 1 huan users 2.0M Apr 18 20:35 graph.psmp
   
5. -rwxr-xr-x 1 huan users 1.1M Apr 18 20:35 dbm_miniapp.psmp
   
6. -rwxr-xr-x 1 huan users 8.5M Apr 18 20:35 dbt_tas_unittest.psmp
   
7. -rwxr-xr-x 1 huan users  11M Apr 18 20:36 dbt_unittest.psmp
   
8. -rwxr-xr-x 1 huan users 2.1M Apr 18 20:36 grid_unittest.psmp
   
9. -rwxr-xr-x 1 huan users 2.1M Apr 18 20:36 grid_miniapp.psmp
   
10. -rwxr-xr-x 1 huan users  15K Apr 18 20:39 nequip_unittest.psmp
    
11. -rwxr-xr-x 1 huan users 921K Apr 18 20:39 xyz2dcd.psmp
    
12. -rwxr-xr-x 1 huan users 975K Apr 18 20:39 dumpdcd.psmp
    
13. -rwxr-xr-x 1 huan users 480M Apr 18 20:40 libcp2k_unittest.psmp
    
14. -rwxr-xr-x 1 huan users 480M Apr 18 20:40 cp2k.psmp
    
15. lrwxr-xr-x 1 huan users    9 Apr 18 20:40 cp2k_shell.psmp -> cp2k.psmp
    
16. lrwxr-xr-x 1 huan users    9 Apr 18 20:40 cp2k.popt -> cp2k.psmp

复制代码

可以看出，集群 1 得到的可执行程序 cp2k.psmp 是 548 MB，而集群 2 里编译的结果却是 480 MB。


除了大小有区别之外，运行测试的结果也有区别（测试的命令也相同）

1. make ARCH=local VERSION=psmp TESTOPTS+="--mpiranks 4 --ompthreads 4 --timeout 2000" test

复制代码

集群 1 测试的结果

1. ------------------------------- Summary --------------------------------
   
2. Number of FAILED  tests 3
   
3. Number of WRONG   tests 2
   
4. Number of CORRECT tests 3928
   
5. Total number of   tests 3933
   
6. 
   
7. Summary: correct: 3928 / 3933; wrong: 2; failed: 3; 298min
   
8. Status: FAILED
   
9. 
   
10. *************************** Testing ended ******************************
    
11. make[3]: *** [test] Error 5
    
12. make[2]: *** [test] Error 2
    
13. make[1]: *** [psmp] Error 2
    
14. make: *** [test] Error 2

复制代码

集群 2 测试的结果

1. ------------------------------- Timings --------------------------------
   
2. Plot: name="timings", title="Timing Distribution", ylabel="time [s]"
   
3. PlotPoint: name="100th_percentile", plot="timings", label="100th %ile", y=28.93, yerr=0.0
   
4. PlotPoint: name="99th_percentile", plot="timings", label="99th %ile", y=9.96, yerr=0.0
   
5. PlotPoint: name="98th_percentile", plot="timings", label="98th %ile", y=7.63, yerr=0.0
   
6. PlotPoint: name="95th_percentile", plot="timings", label="95th %ile", y=5.27, yerr=0.0
   
7. PlotPoint: name="90th_percentile", plot="timings", label="90th %ile", y=4.20, yerr=0.0
   
8. PlotPoint: name="80th_percentile", plot="timings", label="80th %ile", y=2.81, yerr=0.0
   
9. 
   
10. ------------------------------- Summary --------------------------------
    
11. Number of FAILED  tests 5
    
12. Number of WRONG   tests 2
    
13. Number of CORRECT tests 3926
    
14. Total number of   tests 3933
    
15. 
    
16. Summary: correct: 3926 / 3933; wrong: 2; failed: 5; 47min
    
17. Status: FAILED
    
18. 
    
19. *************************** Testing ended ******************************
    
20. make[3]: *** [test] Error 7
    
21. make[2]: *** [test] Error 2
    
22. make[1]: *** [psmp] Error 2
    
23. make: *** [test] Error 2

复制代码

可以看出，集群 1 （cp2k.psmp 较大 548 MB）的错误相对少，3 (FAILED tests) + 2 (WRONG tests) = 5 个；
而集群 2（cp2k.psmp 较小 480 MB）的错误相对多，5 (FAILED tests) + 2 (WRONG tests) = 7 个

CP2K 2023-01 虽然安装上非常顺利（相比之前的 8.1，8.2，9.1，2022版本顺利太多），但是上述问题却让人很迷惑……