如何更改npt计算过程中的步长

lMiraclel

请问在跑蛋白质体系npt的时候，由于LINCS Warning报错，将npt.mdp中步长改为1 fs，但是体系分子较大，总共100ps跑了接近20天仍旧没有结束，是否有办法可以暂时结束计算，接着将步长改为2 fs继续跑？

sobereva

什么机子、什么体系、什么设置？
100ps跑20天是不可思议的事情
想改就把任务直接杀了，创建对应2fs步长的mdp，基于之前最后的cpt文件作为初始状态跑就完了

lMiraclel

sobereva 发表于 2023-5-21 14:34
什么机子、什么体系、什么设置？
100ps跑20天是不可思议的事情
想改就把任务直接杀了，创建对应2fs步长的 ...

老师您好。机子是学校超算服务器的，具体什么配置我也不是很清楚，但是之前步长为2 fs时一般一两天就可以结束了的。该体系是纯蛋白体系，蛋白是同源建模出来的，但是之前做了该蛋白和小分子结合的体系，跑了md前后差异很大，RMSD达到3nm。mdrun时没有设置生成cpt文件，有方法可以转换吗？
npt文件如下：
define                  = -DPOSRES
; Run parameters
integrator              = md      
nsteps                  = 200000   
dt                      = 0.001   
; Output control
nstenergy               = 500   
nstlog                  = 500     
nstxout-compressed      = 500     
; Bond parameters
continuation            = yes      
constraint_algorithm    = lincs     
constraints             = h-bonds   
lincs_iter              = 1        
lincs_order             = 4        
; Neighbor searching and vdW
cutoff-scheme           = Verlet
ns_type                 = grid      
nstlist                 = 20      
rlist                   = 1.2
vdwtype                 = cutoff
vdw-modifier            = force-switch
rvdw-switch             = 1.0
rvdw                    = 1.2      
; Electrostatics
coulombtype             = PME      
rcoulomb                = 1.2
pme_order               = 4        
fourierspacing          = 0.16     
; Temperature coupling
tcoupl                  = V-rescale               
tc-grps                 = system   
tau_t                   = 0.1                       
ref_t                   = 298.15                     
pcoupl                  = Berendsen                  
pcoupltype              = isotropic                 
tau_p                   = 1.0                    
ref_p                   = 1.0                        
compressibility         = 4.5e-5                 
refcoord_scaling        = com
pbc                     = xyz      
DispCorr                = no
gen_vel                 = no

Entropy.S.I

lMiraclel 发表于 2023-5-21 20:16
老师您好。机子是学校超算服务器的，具体什么配置我也不是很清楚，但是之前步长为2 fs时一般一两天就可以 ...

你先别管这些，先把这离谱的性能问题解决了，否则不可能算出能用的结果。

我基于现在的信息也没法准确判断，你至少应该再给出体系的原子数、运行mdrun用的命令，最好直接给出mdrun的日志。

xsc6

lMiraclel 发表于 2023-5-21 20:16
老师您好。机子是学校超算服务器的，具体什么配置我也不是很清楚，但是之前步长为2 fs时一般一两天就可以 ...

虽然我不知道你的原子数，但是你的速度过于离谱了，学校的服务器一般不至于这么奇怪，是不是没并行好在用一个核，建议先解决这个问题，不然即使日夜兼程到你毕业也没啥结果。此外500输出一步结果有点密集了

Entropy.S.I

xsc6 发表于 2023-5-22 00:37
虽然我不知道你的原子数，但是你的速度过于离谱了，学校的服务器一般不至于这么奇怪，是不是没并行好在用 ...

500步保存一次坐标不密，配合2fs步长，只要不是存储资源极度金贵的情况，这个频率就是是刚刚好的，一块18TB硬盘基本上可以存1-3篇普通文章的数据，18TB硬盘才1700多元一块。