求助：模拟金表面水分子运动时报错

PHOENIXHMX · 发表于 Post on 2023-5-24 18:58:27

我在模拟金表面的水分子运动情况，使用MS生成Au的pdb文件，然后使用sobtop生成top和itp文件，但是我在模拟时会有”Invalid order for directive atomtypes“的报错，这是什么情况？我是需要自己添加atomtypes吗？因为在力场的itp文件中没有Au。附上我的top、gro文件，itp无法上传，就截取了开头的部分。

牧生 · 发表于 Post on 2023-5-24 19:22:48

http://sobereva.com/153
你先把作业抄对

PHOENIXHMX · 发表于 Post on 2023-5-25 08:28:40

牧生发表于 2023-5-24 19:22
http://sobereva.com/153
你先把作业抄对

我把Au添加到”atomtypes.atp“还是会报相同的错误

pal · 发表于 Post on 2023-5-25 09:05:54

http://bbs.keinsci.com/thread-14401-1-1.html 看看这个吧

thou · 发表于 Post on 2023-5-25 09:07:37

PHOENIXHMX 发表于 2023-5-25 08:28
我把Au添加到”atomtypes.atp“还是会报相同的错误

[ atomtypes ]字段出现了两次

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[GROMACS] 求助：模拟金表面水分子运动时报错