求助银金属团簇的分子吸附和几何结构优化

真步 · 发表于 Post on 2023-5-29 22:25:56

对银电极团簇，44联吡啶分子的体系，做限制性几何结构优化

本来要用b3lyp,6-31G*和landl2dz混合基组计算。但是看到论坛的帖子，PBE0，DFT-D3,def2-SV(p)可能是更好的选择。
1.请问这两种方法在计算量上的差异大吗？是合理的选择吗？
2.def2-SV（p）这种关键词部分我应该是加错了，不会写，有报错，求帮助。

%chk=Ag-JJ-170.chk
%Nprocs=8
%mem=2GB
#p PBE0/def2svp em=gd3 nosymm opt

Ag-JJ-170

0 1
Ag             -1 -0.00000000 3.33596000 9.43552000
Ag             -1 2.88902600 3.33596000 9.43552000
Ag             -1 1.44451300 5.83793000 9.43552000
Ag             -1 5.77805200 3.33596000 9.43552000
Ag             -1 4.33353900 5.83793000 9.43552000
Ag             -1 2.88902600 8.33990000 9.43552000
Ag             0 1.44451300 4.16995000 11.79440000
Ag             0 4.33353900 4.16995000 11.79440000
Ag             0 2.88902600 6.67192000 11.79440000
Ag             -1 -1.44451300 2.50197000 7.07664000
Ag             -1 1.44451300 2.50197000 7.07664000
Ag             -1 0.00000000 5.00394000 7.07664000
Ag             -1 4.33353900 2.50197000 7.07664000
Ag             -1 2.88902600 5.00394000 7.07664000
Ag             0 2.88902600 5.00394000 14.15328000
Ag             -1 1.44451300 7.50591000 7.07664000
Ag             -1 7.22256500 2.50197000 7.07664000
Ag             -1 5.77805200 5.00394000 7.07664000
Ag             -1 4.33353900 7.50591000 7.07664000
Ag             -1 2.88902600 10.00788000 7.07664000
Ag             -1 -0.00000000 3.33596000 21.76448000
Ag             -1 2.88902600 3.33596000 21.76448000
Ag             -1 1.44451300 5.83793000 21.76448000
Ag             -1 5.77805200 3.33596000 21.76448000
Ag             -1 4.33353900 5.83793000 21.76448000
Ag             -1 2.88902600 8.33990000 21.76448000
Ag             0 1.44451300 4.16995000 19.40560000
Ag             0 4.33353900 4.16995000 19.40560000
Ag             0 2.88902600 6.67192000 19.40560000
Ag             -1 -1.44451300 2.50197000 24.12336000
Ag             -1 1.44451300 2.50197000 24.12336000
Ag             -1 0.00000000 5.00394000 24.12336000
Ag             -1 4.33353900 2.50197000 24.12336000
Ag             -1 2.88902600 5.00394000 24.12336000
Ag             0 2.88902600 5.00394000 17.04672000
Ag             -1 1.44451300 7.50591000 24.12336000
Ag             -1 7.22256500 2.50197000 24.12336000
Ag             -1 5.77805200 5.00394000 24.12336000
Ag             -1 4.33353900 7.50591000 24.12336000
Ag             -1 2.88902600 10.00788000 24.12336000
C             0 4.09230100 11.26103000 18.51515000
C             0 4.09530100 11.27633000 17.12135000
C             0 2.93090100 10.91363000 16.42915000
C             0 1.81970100 10.55133000 17.20405000
C             0 1.92370100 10.56703000 18.59395000
N             0 3.03350100 10.91413000 19.25765000
H             0 4.98780100 11.54763000 19.06435000
H             0 4.98490100 11.59173000 16.58465000
H             0 0.89340080 10.23633000 16.73325000
H             0 1.07040100 10.28083000 19.20675000
C             0 2.87720100 10.91323000 14.94665000
C             0 3.98250100 10.53233000 14.17215000
C             0 1.71860100 11.29353000 14.25405000
C             0 3.87860100 10.54793000 12.78225000
H             0 4.90360100 10.20293000 14.64325000
C             0 1.72120100 11.27653000 12.86035000
H             0 0.83420080 11.62343000 14.79055000
N             0 2.77430100 10.91183000 12.11815000
H             0 4.72710100 10.24723000 12.16975000
H             0 0.83040080 11.57653000 12.31085000

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-30 03:33:10

但凡问报错问题，必须给出完整的报错信息，不能只说有报错，否则信息量不足。
此外你确定两个银电极是直接接触的？一般两个电极加一个有机分子的体系，有机分子都位于两个电极的中间，电极和电极不直接接触，否则就短路了，测不到有机分子的信号

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-30 05:16:28

那叫lanl2dz不叫landl2dz

手册里写明了，def2-SV(P)写成def2SV或def2SVPP

不能想当然把关键词写成PBE0，好好看http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html

没理由不用em=gd3bj而用gd3

对当前体系中的Ag，用def2-SV(P)对此体系不会比lanl2DZ有明显好处

真步 · 发表于 Post on 2023-5-30 11:38:55

sobereva 发表于 2023-5-30 05:16
那叫lanl2dz不叫landl2dz

手册里写明了，def2-SV(P)写成def2SV或def2SVPP

谢谢Bob老师

真步 · 发表于 Post on 2023-5-30 11:42:24

wzkchem5 发表于 2023-5-30 03:33
但凡问报错问题，必须给出完整的报错信息，不能只说有报错，否则信息量不足。
此外你确定两个银电极是直接 ...

w老师说的明白。因为是一个单分子的测量，我想以这个结构作初态，然后改变电极距离，继续优化，模拟实验中电极拉伸和压缩的过程。

niobium · 发表于 Post on 2023-5-30 13:56:28

真步发表于 2023-5-30 11:38
谢谢Bob老师

卢老师可能都想把你号给封了

真步 · 发表于 Post on 2023-5-31 14:08:32

niobium 发表于 2023-5-30 13:56
卢老师可能都想把你号给封了

啊这

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