巯基与金基底的Gaussian计算问题

xuan12138 · 发表于 Post on 2023-5-31 16:08:11

在对冠醚巯基与金基底模型进行Gaussian模拟时，对三层金的模型，在20核的服务器上运行了20天，没有计算完，
初始的模型

和计算了15轮的模型

由于计算时长过长，改成了一层金的模型

Au9.com (4.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 6) ，计算了18轮从

变成了

，想问问是不是初始模型和模拟的参数设置的有问题

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-5-31 16:16:15

本帖最后由 zjxitcc 于 2023-5-31 16:19 编辑

不是，你这用CP2K/QE/VASP做周期性计算一两天就全搞定了，时间就是金钱啊，生命在流逝啊。算20天算成这样，你这要是让导师知道了，不得被骂惨了。。
（虽然可以对你当前这个计算给出很多建议和意见，或者提出很多问题，但几乎没有必要，因为周期性体系还是留给擅长的程序算，不可强为）

pal · 发表于 Post on 2023-5-31 16:26:17

簇模型的话参考http://sobereva.com/540，得做固定，做周期性计算的话看着分子大小弄的金属表面还不小

牧生 · 发表于 Post on 2023-5-31 16:54:00

如果你的cpu是13900k，用cp2k跑这个，大概率半天就算好了。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-1 04:50:54

做个优化用什么def2-TZVP，白浪费时间
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387（http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html）

b3lyp不适合算金属团簇，此文都已经极其明确说了
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

输入文件里干嘛就给6核？而且还不监控优化过程，这么糟蹋时间算下去只会延期毕业

xuan12138 · 发表于 Post on 2023-6-2 09:30:41

sobereva 发表于 2023-6-1 04:50
做个优化用什么def2-TZVP，白浪费时间
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387 ...

感谢老师解答我修改了一下使用了def2SVPP基组和PE优化这样设置还有什么问题吗

Au.gjf (7.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-3 01:29:38

xuan12138 发表于 2023-6-2 09:30
感谢老师解答我修改了一下使用了def2SVPP基组和PE优化这样设置还有什么问题吗

没有叫PE的东西

目前可以。最好带上D3校正，色散作用可能对被吸附物的构象有不可忽视的影响

xuan12138 · 发表于 Post on 2023-6-4 09:59:35

sobereva 发表于 2023-6-3 01:29
没有叫PE的东西

目前可以。最好带上D3校正，色散作用可能对被吸附物的构象有不可忽视的影响

好的谢谢老师

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