扩散系数计算方法及控温器选择等问题

tjyjy

大家好，我目前在计算聚合物分子（分子量较小，1000左右）在溶剂分子中的扩散系数，我的计算过程：
1）构建无定形模型，对其进行几何优化后，再进行退火，退火过程选择NVT系综，控温方法选择Anderson；

2)选择退火过程中能量最低的结构进行分子动力学，先在NPT系综下进行1000 ps分子动力学，控压方法选择Berendson，再在NVT系综下进行1000 ps分子动力学，控温方法选择Anderson；
3）对NVT下计算得到的xtd文件进行MSD分析，时间区间选择后200ps。

请问大家这个计算过程有问题吗？我参考了几篇学位论文和期刊论文，计算过程不一，但是控温和控压方法都分别选择的是Anderson和Berendson，我按照这个计算下来有的模型MSD曲线很正常，有的很奇怪，今天在论坛上看了很多帖子说Anderson控温方法可能会影响扩散系数结果，那我现在如果要换控温方法，是得从退火过程就重算吗？
【无论怎么选择区间，拟合得到曲线的R2都是0.8几】
【不确定选择哪一个区间进行扩散系数计算】
【可以明显看到有直线段】

sobereva

Anderson是极其过时的控温方法，绝对不应当使用
Berendsen如今也不建议使用，很容易被吐槽。v-rescale强得多
此外，动力学跑的时间也太短了，统计误差会相当大


PS：强烈建议改用GROMACS

tjyjy

sobereva 发表于 2023-6-8 07:26
Anderson是极其过时的控温方法，绝对不应当使用
Berendsen如今也不建议使用，很容易被吐槽。v-rescale强得 ...

谢谢老师的回答，在刚接触计算的时候并没有考虑到软件的问题，组里老师用的这个软件，我也被安排学习了这个软件，目前已经来不及换软件做课题了。
我看了下MS中貌似没有您说的V-rescale控温方法，只有velosity scale（不知道和您说的V-rescale区别大吗，我看MS官方手册上扩散系数计算部分用的这个方法），Nose，Anderson，Berendsen，NHL；控压方法有Parrinello，Anderson，Berendson和Souza-Martins。想请问您，我如何从现有的控温控压方法中选择？

关于动力学跑的时间太短的问题，因为我模型很多且很大，每个跑2000ps已经非常耗时了，目前我还有一个想法是改用介观模拟（DPD）研究我这个体系，相较于分子动力学，它可以处理大分子模拟体系，时间尺度也比全原子模型要高好几个数量级，这样就能解决我跑分子动力学时间过短的问题了，请问您觉得可以吗？

sobereva

tjyjy 发表于 2023-6-8 09:36
谢谢老师的回答，在刚接触计算的时候并没有考虑到软件的问题，组里老师用的这个软件，我也被安排学习了这 ...

看M$的手册里关于此热浴的介绍，看对应哪篇原文便知

控温一律用velocity rescale。你在NVT下跑的，没压浴的事。NVT之前的NPT用Berendsen就可以

用M$根本没前途，别固执了... GROMACS GPU加速跑的话真比你现在用M$快100倍。M$里靠DPD那种极其抽象化的玩意儿才跑得动的体系用gromacs全原子都跑得轻轻松松。现在趁早改投gromacs，以后绝对以后会庆幸当时做了正确的决定。

牧生

http://bbs.keinsci.com/thread-27536-1-1.html

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