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[VMD] VMD里面角度随帧数变化曲线怎么获得?

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楼主
在VMD分析的时候,想把CO2分子的角度随着frames变化曲线,不知道这个tcl怎么写

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发表于 Post on 2016-7-24 00:53:07 | 只看该作者 Only view this author
用不着写脚本。图形窗口里点数字键3,然后点击三个原子,使这个角度被标注上,之后graphics-labels-angles,在graph标签页直接就能看随时间的变化图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-24 11:28:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-24 00:53
用不着写脚本。图形窗口里点数字键3,然后点击三个原子,使这个角度被标注上,之后graphics-labels-angles ...

谢谢Sob老师,这样角度会出现跳来跳去的情况,因为这是180度附近的变化,所以很容易识别成了0到10度,所以我想用tcl处理以下,方便直接看,但是没找到命令

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发表于 Post on 2016-7-24 12:42:28 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2016-7-24 11:28
谢谢Sob老师,这样角度会出现跳来跳去的情况,因为这是180度附近的变化,所以很容易识别成了0到10度,所 ...

你就在VMD里导出数据之后,写个小程序转换一下角度使之连续就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-24 12:54:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-24 12:42
你就在VMD里导出数据之后,写个小程序转换一下角度使之连续就完了

恩恩,好的,就是过程稍微有些麻烦,因为需要频繁去查看,没有tcl跑的方便(PS:难道tcl中真的没有angle这种命令!)

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发表于 Post on 2016-7-24 18:47:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fhh2626 于 2016-7-24 18:48 编辑
dark_cosmos 发表于 2016-7-24 12:54
恩恩,好的,就是过程稍微有些麻烦,因为需要频繁去查看,没有tcl跑的方便(PS:难道tcl中真的没有angle ...

遍历每一帧,然后输出measure angle的值就行了

或者可以用measure center以后进行向量运算(如果是三个group之间的角度的话)。具体某个命令,你查VMD的手册比在这里问快多了

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发表于 Post on 2021-6-16 15:21:07 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2016-7-24 18:47
遍历每一帧,然后输出measure angle的值就行了

或者可以用measure center以后进行向量运算(如果是三 ...

请问一下老师,遍历每一帧这个命令是什么呢

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