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[其它程序] packmol如何把石墨烯分层模型两侧放置气体分子

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发表于 Post on 2023-6-13 13:52:48 | 只看该作者 Only view this author
恰当设置加入的空间范围就完了,该说的都说了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-6-13 16:36:42 | 只看该作者 Only view this author
gmx editconf 轻松完成
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-14 12:05:12 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-14 12:08:29 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2023-6-14 13:35:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2023-6-14 13:45 编辑

有个比较蠢,但又很直观的办法。

packmol直接建立气体团簇,不用考虑位置,坐标之类。然后打开vmd,载入气体团簇,载入石墨烯,然后移动某个rep。移动到合适位置后,分别另存石墨烯和气体团簇为pdb格式。然后把其中一个pdb的内容复制到另一个pdb里面就可以了。
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-14 14:09:23 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2023-6-14 14:44:20 | 只看该作者 Only view this author
whq 发表于 2023-6-14 14:09
在Material studio  可以移动吗?

我已经多年不用MS了,忘了。。gview界面也非常非常友好,也能实现鼠标拖动去移动原子或者多个分子,比MS好用多了。但如果总原子数太多,gview会比较卡

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-14 16:49:54 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-14 20:36:01 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2023-6-15 16:13:53 | 只看该作者 Only view this author
Acee 发表于 2023-6-13 16:36
gmx editconf 轻松完成

这工具可以直接指定插入位置?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-19 15:00:22 | 只看该作者 Only view this author
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