在使PLUMED对GROMACS的轨迹文件做元动力学时，必须将命令写一起吗？

zhitengcheer

各位老师大家好：学生在使用GROMACS和PLUMED进行元动力学模拟时有几个小问题请教：
利用PLUMED对GROMACS进行元动力学分析时，有两种命令输入方式：一种是：直接先用GROMACS模拟出轨迹文件.xtc，再利用PLUMED进行元动力学分析：
           gmx mdrun -v -deffnm md -nb gpu;
           plumed driver --plumed plumed.dat --mf_xtc md.xtc
另外一种是：将两种命令结合于一起作为命令行输入：
          gmx mdrun -v deffnm md -plumed plumed.dat -nb gpu;
学生的疑问是：
1：第一种方式是先轨迹再分析，我的理解是这其实是没有加偏置势的动力学模拟，并不能翻越自由能能垒。
2：第二种方式是模拟和分析一同进行，在边模拟的过程中有偏置势的填谷，进行了有偏估计，可以翻越自由能能垒。
请问，学生前面的想法对吗？

还有一个问题：
3：学生编译的GROMACS可以GPU加速，如果使用第二种命令行输入，是模拟速度就会慢很多？（PLUMED似乎不支持GPU加速）
感谢各位老师赐教。

beyond

如果需要添加biasing potential， 当然需要在模拟的过程中提供PLUMED的input，

速度肯定会有影响的，影响大小要看你的CV选择等，有的影响很小，有的影响很大
要加速，PLUMED也有一些策略，可以看看PLUMED的manual

Huschein

你第一种方式根本就没有用metad，怎么可能用metad不额外指定呢？搞清楚mdrun那一步就得要加入plumed控制文件，plumed driver是用来对metad采样后的轨迹做无偏修正的。且谈到速度问题，metad是通过增加高斯峰来完成罕见事件的采样的，高斯函数的维度和你的CV正相关，且受CV极大影响，因此完全不可能通过像FFT那样的操作来转移到GPU上算，plumed官方文档都写了，现在支持gmx_mpi了，要跑增强采样就专门编译一个mpi版来跑