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[GROMACS] 求助:怎么输出电场强度

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我在mdp文件中施加了电场,想看一下是否正确,怎么输出如下图形

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发表于 Post on 2023-6-20 23:25:19 | 只看该作者 Only view this author
mdrun加上-field指定输出的记录电场信息的xvg文件名,之后对xvg作图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-21 08:48:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-20 23:25
mdrun加上-field指定输出的记录电场信息的xvg文件名,之后对xvg作图

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-21 10:33:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-20 23:25
mdrun加上-field指定输出的记录电场信息的xvg文件名,之后对xvg作图

老师,我施加频率为1000HZ 电压为1V,模拟步长300ns是不在gromacs里边不现实,electric-field-y = 0.28 0.000001 0 0;我看到输出的电场强度数据都是0.28,是不因为频率太小只会走一个周期的一点点,导致像是施加了恒定电场

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发表于 Post on 2023-6-21 14:02:25 | 只看该作者 Only view this author
wuxiaofei 发表于 2023-6-21 10:33
老师,我施加频率为1000HZ 电压为1V,模拟步长300ns是不在gromacs里边不现实,electric-field-y = 0.28 0 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-7-11 10:41:56 | 只看该作者 Only view this author

请问老师,gromacs如何修改mdp来施加非对称的余弦的电场

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发表于 Post on 2023-7-11 10:43:28 | 只看该作者 Only view this author
请教楼主是否知道如何施加非对称性余弦电场

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-12 15:46:59 | 只看该作者 Only view this author
lees 发表于 2023-7-11 10:43
请教楼主是否知道如何施加非对称性余弦电场

我理解的是在三个方向设置不同的参数,我上边是给y轴设置了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-12 15:47:16 | 只看该作者 Only view this author
lees 发表于 2023-7-11 10:43
请教楼主是否知道如何施加非对称性余弦电场

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发表于 Post on 2023-7-12 16:04:32 | 只看该作者 Only view this author
wuxiaofei 发表于 2023-7-12 15:46
我理解的是在三个方向设置不同的参数,我上边是给y轴设置了。

谢谢楼主的回答,经sob老师回答说只能通过改源程序达到目的,mdp修改没法设,现在正在研究源程序部分

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