深圳超算、天河一号二号使用体会

sky

先来说点题外话，我写这一系列的文章主要有两个目的：

第一，帮助对计算机一无所知的同学少走弯路；

第二，分享一些我觉得能大大提高工作效率的方法、工具；

对于计算机进阶的东西我不写，比如上次有同学问vim怎么配置得跟VS一样。因为这种关于程序猿进阶的资料网上遍地都是，我再写意义不大。对于想进阶的同学，我就推荐三样东西：

1. 知乎；知乎上云集了大量顶级程序猿，经常推荐一些好用的工具，分享心得。

2. github;写代码的同学必备，谁用谁知道。

2. stackoverflow; 传闻成为一个码农只需要两样东西：google+stackoverflow，99%有关写代码的问题都可以在这里找到答案。

这次偷个懒，来写写各大超算中心的体会。

经验：两年前用过半年深圳超算，认识一个用天河一号的组、用过若干次，从去年开始一直使用天河二号。

我有个习惯是每用一个新的超算都要测速，当年我比对过三家超算的速度。但是当时也没想着日后要写文章，就没保存下来，所以就不上具体数据了。

首先说速度，天河二号>天河一号>深圳超算，但是三家超算各有优势。

深圳超算

在14年夏季包了两个节点半年，具体价格忘了，印象中比天河一号便宜。

优点：

1. 深圳超算买了全系列的计算软件，官网上是有MS、gaussian等软件的，但是没有VASP。但当初我老师想让我申深圳的机器来解决vasp的版权问题，不知道是不是没有公开写出来，有兴趣的人可以打电话问问。

2. 深圳每个节点12核，是比较适合用gaussian的。小木虫上有人比对过，8核以上gaussian的并行效率就大幅下降，具体数据可以自己找找，这里就不贴了。

缺点：

1. 管理混乱（注意：我是两年前用的深圳超算，只说那时候的感受，可能跟现在的情况有出入）

举几个例子，我刚开始用深圳超算那会应该是14年的夏季。那时候竟然允许一个节点跑多个任务。比如说我的一个任务占8核，另外一个人的任务占4核，那会自动将我两的任务分配到一个节点。导致当年9月的时候机器故障不断，计算速度也越来越慢，以至于不得不在国庆节停机维护若干天，之后才有所好转。

维护之后，我发现ftp上传文件，不会把win的换行符编程linux的换行符，于是发邮件问客服：

我：为什么ftp上传文件不会自动转换行符了？

客服：你说什么？

我：balabala（详细解释了一遍）

客服：啊，原来是这样，不好意思，我也在学习过程中哈。

我：.....

半年过去了，我掐好时间等着。眼看截至日期要到了却没人通知我该干嘛，于是我打电话过去：

我：老师你好，我们的合同应该在XX号就要结束了，怎么没人通知我转移数据呢？

老师：等我查一查

老师：....

老师：不对呀，你们的合同一个月前就结束了！

这是个忧伤的故事。

天河一号

我只在某个组的时候零碎地用过一段时间。天河一号速度优于深圳超算，至于快多少忘了。

费用：

包两个节点一年1万8左右，按时间收费的话好像是0.2元每（核●小时），一次购买超过100万核●小时以上是0.1元每（核●小时）（按12核一个节点算，一年一个节点大概1万左右）。

优点：

1. 速度快，且每个节点12核，适合gaussian计算。

2. 管理水平优于深圳超算，至少没觉得有什么黑点。

缺点：

1. 软件版权自理

2. 管申请的人夸夸其谈

当年打电话过去问费用的时候，大谈天河一号有多牛逼，说他们超算速度最快（当时天河二号已经在试运行了），国内的课题组都用他们的机器之类的，要挂电话了还非要发我一份申请表，立场不坚定当场就被忽悠了。

另外那个用天河一号的老师说，当年有一段时间排队很艰难，后来新增了一些节点才解决。我个人觉得天河一号差不多人满为患了，今年有新闻在说天河一号“超负载运行”，用过的人可以来说说排队情况。

天河二号

最后当然是要来安利一下我用的天河二号了，我从试运行开始一直用到现在。我应该是最早一批签合同的用户，当时只有按时间收费的方式，价格是0.1元每（核●小时），现在不知道怎么样了。

优点：

1. 速度快，15年初用多个体系测过速（VASP），比天河一号快50%以上，个别体系能比天河一号快一倍多。因为速度优势，所以实际上比天河一号还要便宜。

2. 按时间收费，不限制节点数，不用排队。按时间收费不会限制节点数量，我经常一次提交十多个任务一起跑，曾经用16个节点跑过NEB，相比于包节点的方式省时省心又方便。至于排队方面，去年偶尔有几次排队严重的情况，后来我所在的分区增加了一些机器，就没再排过队。印象中最近半年每天白天时段都剩余六七百节点，完全不用担心排队。总之强烈推荐VASP用户使用。

缺点：

1. 如果用的是gaussian那就不用考虑了。天河二号一个节点24核，并且限制一个节点一个任务，用gaussian显然不划算。除此之外应该再找不到黑点了。

万里云

天河一号没有胖节点（之前有TH-BIG分区现在没了），大的体系只能靠堆核数来解决。

并且一堆搞生物和数学的在登录节点上跑任务，公德心缺失！公德心缺失！公德心缺失！导致登录节点非常卡！非常卡！非常卡！
还闹过一次大新闻，管理员群发邮件让定期更新密码，结果把所有用户的账号和密码当附件发出去了。未加密的excel格式，XX局、XX所、XX动漫工作室之类的全部被看光。

天河一和天河二都用的是魔改版的IntelMPI，某些软件编译起来可能比较麻烦。

wei

1)用过一段时间天河2号，速度的确可以，机器配置也不错。2）深圳超算没用过，它买了全套的MS，这对解决版权问题很有帮助。3）我个人觉得，租超算机器还是不如自己买服务器划算。以0.1元*核每小时来算，24核的一个节点，一年下来2w块；如果一年租两个节点，4w+已经可以买一台36核的服务器了。

greatzdk

万里云 发表于 2016-8-2 13:43
天河一号没有胖节点（之前有TH-BIG分区现在没了），大的体系只能靠堆核数来解决。

并且一堆搞生物和 ...

啥魔改版，好像就是inte编译的mpich

万里云

greatzdk 发表于 2016-8-3 14:30
啥魔改版，好像就是inte编译的mpich

编译软件时链接的BLACS是基于intelmpi的，超算中心声称是“自主研发”。

greatzdk

万里云 发表于 2016-8-4 10:22
编译软件时链接的BLACS是基于intelmpi的，超算中心声称是“自主研发”。

麒麟系统也是自主研发哦

sky

万里云 发表于 2016-8-2 13:43
天河一号没有胖节点（之前有TH-BIG分区现在没了），大的体系只能靠堆核数来解决。

并且一堆搞生物和 ...

我记得登录节点会kill运行超过一分钟的进程吧？
胖节点没用过不清楚，一般搞计算的应该很少用到吧。

万里云

sky 发表于 2016-8-5 18:26
我记得登录节点会kill运行超过一分钟的进程吧？
胖节点没用过不清楚，一般搞计算的应该很少用到吧。

不会kill。天河一号一个节点12核24G内存，大体系还是算不起来。

TinMove

替换换行符的命令：

dos2unix filename

sxzhou

最近老师让自己合理计划买工作站 还是服务器的事情，感觉服务器一片乱，再此感谢楼主分享！顺便请教 天津超算和上海超算如何？价格的话都差不多吧0.1元/（核·小时）

biancheng159

我试过天河2，登陆节点上跑小程序很快就被kill掉了；
而前段时间乃至最近登陆节点依然时不时的卡，据说仍是有人在登陆节点算东西，不知如何实现的。。。
天河2不限制用户同时运行的任务/节点数，几乎无需排队，对于抢时间的人真是福音啊；
有耐心和长期打算的当然自己买机子咯，只不过需要牺牲自己或维护人员不少维护时间，而且2~3年可能更新硬件要投资，电费(公费则忽略)、安装空调也要投入。

vegetable

强烈推荐天河二号机器，反正我自己跑高斯就没有排过队~白天看看节点空闲还是比较多的，而且软件环境配置也比较健全了，基本的量化软件都有；更重要的是快。
不过对于24核的单节点独占限定对于跑高斯确实有点伤...

LL5312

vegetable 发表于 2017-2-3 15:40
强烈推荐天河二号机器，反正我自己跑高斯就没有排过队~白天看看节点空闲还是比较多的，而且软件环境配置也 ...

能不能介绍一下天河二号的软件使用  小白 刚开始申请天河 还没用过 谢谢

哆啦哆啦

天河二号的一个节点多少内存啊？

guoyihe

有没有用北京超算的哇，天河2真的只要1分/核时吗，为啥北京超算的优惠还要7分啊，超算小白求指点