盒子里的真空区域会影响结果么？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-7-8 16:14:18

模拟蛋白质在溶剂里跟一种小分子的相互作用，
盒子里有真空区域，蛋白质并没有裸露，这样对结果会有影响么？

另外是不是因为有真空区域所以体系的总势能大于0是正常的？

Arkin · 发表于 Post on 2023-7-8 17:19:33

为什么不把这区域用溶剂分子填充完全？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-9 03:46:36

溶剂环境里为什么会有真空区？通常都用控压，真空区会自动消掉

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-7-10 15:02:52

Arkin 发表于 2023-7-8 17:19
为什么不把这区域用溶剂分子填充完全？

盒子太大

Arkin · 发表于 Post on 2023-7-11 10:02:27

Sob 老师回答的很对，NPT 就能消弭盒子大问题。如果不能：你建模的盒子有问题。

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[GROMACS] 盒子里的真空区域会影响结果么？