求助 蛋白小分子复合物动力学跑不平

crush

各位老师好，我使用Amber20在跑一个蛋白和FAD分子的复合物体系(300ns)，但是体系RMSD总是跑不平，分别尝试了不同的控制文件参数组合，尝试了官网的控制文件参数。最后RMSD像下图1一样。
我的蛋白形状是 图2， 参数文件如下， 请各位老师帮忙看一下问题出在哪里

Serious

1）”体系的RMSD“是什么的RMSD？用什么分析的？cpptraj或是什么，以及命令行是什么？（不同的操作显然会得到不一样的值或是”错误“的值）
2）我建议每隔一段时间提取蛋白结构（比如10 ns），align后看看哪个部分变化大；以及小RMSD和大RMSD的结构差异；并从中分析原因；
3）蛋白体系大且形状细长，我觉得主链RMSD偏大并不反常；

crush

Serious 发表于 2023-7-10 10:19
1）”体系的RMSD“是什么的RMSD？用什么分析的？cpptraj或是什么，以及命令行是什么？（不同的操作显然会得 ...

感谢您的回复，我使用的是cpptraj，命令是：
rms ToFirst :1-660&!@H= first out rmsd1.agr mass

我会尝试您给出的建议，非常感谢！

Serious

crush 发表于 2023-7-10 11:29
感谢您的回复，我使用的是cpptraj，命令是：
rms ToFirst :1-660&!@H= first out rmsd1.agr mass

1) ":1-660&!@H="除了氢外的所有原子都用来算RMSD了，那这个RMSD不算大；你可以算主链的RMSD看看，估计你的体系已平衡了。

crush

Serious 发表于 2023-7-10 12:44
1) ":1-660&!@H="除了氢外的所有原子都用来算RMSD了，那这个RMSD不算大；你可以算主链的RMSD看看，估计你 ...

你好，我算了骨架的RMSD, 结果RMSD波动还是大于1Å， 这是不是说明体系还是未达到平衡呢?

rms ToFirst :1-660&@CA,C,N= first out rmsd1.agr mass

Serious

crush 发表于 2023-7-10 15:21
你好，我算了骨架的RMSD, 结果RMSD波动还是大于1Å， 这是不是说明体系还是未达到平衡呢?

rms To ...

1）“:1-660&@CA,C,N=”，加了“=”可能会match N开头的原子，你用ambmask看看是不是把非主链的N原子算进来了。
2）别太纠结于数值，你得想想这个值意味着什么？或者说是什么原因造成这样的值？通常而言，主链RMSD在2 Å左右都能接受；

crush

Serious 发表于 2023-7-10 18:02
1）“:1-660&@CA,C,N=”，加了“=”可能会match N开头的原子，你用ambmask看看是不是把非主链的N原子算进 ...

好的，非常感谢您的解答！