蛋白纳入配体时采用RESP，原子坐标用高斯优化后的还是用PDB的更好？

KailinWang · 发表于 Post on 2023-7-12 10:11:06

在重复师兄师姐的蛋白模拟过程中，涉及到加入黄素配体FMN的步骤。常规加入配体的流程包含高斯计算拟合静电势.gesp文件+ambertool生成力场参数。
重复时对一个细节感到疑惑：计算静电时关键词带上了opt导致高斯进行了结构优化对坐标进行了调整。但是蛋白模拟时又倾向于用晶体结构的原子坐标。于是出现了一个奇怪的操作：将高斯的配体电荷结果和PDB的配体原子坐标combine在一起去做MD了。这合理吗？
我感觉不放开结构优化从头到尾都是晶体结构坐标算静电势更合理。
另外不清楚这个操作对电荷分布的计算结果以及蛋白模拟结果的影响大不大。

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-7-12 10:55:14

“我感觉不放开结构优化从头到尾都是晶体结构坐标算静电势更合理。”
如果你希望这样做可以做限制性优化，固定一些重要的柔性二面角来保持小分子的结构。
一般不会把高斯的结构优化的结果直接带入分子力场，因为分子力场自己有基于分子力学的结构优化也就是能量极小化过程。

KailinWang · 发表于 Post on 2023-7-12 17:39:06

嗯嗯，都可以做，只是不确定二面角改变对高斯算出的静电势影响是否显著，有空的时候我都算一下对比看看吧，到时候跟进一个新贴。估计影响也很小，到头来对蛋白里面距离什么的就差0.几个埃

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-7-13 11:48:34

需要优化后再算静电势

不是由你提供的结构去指导小分子去生成什么力场参数，力场参数是放在那里的一个客观值，有了力场参数以后才能利用力场参数去指导结构（进行模拟），别把因果关系搞反了

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-13 12:59:12

配体用什么结构算RESP电荷，下文末尾明确讨论了
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

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