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[程序/脚本开发] 求助:使用MDAnalysis分析RDF

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如何使用MDAnalysis,来实现像这篇文献一样,把一个分子拆成几个部分,然后这几部分之间做质心径向分布函数分析

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发表于 Post on 2023-8-17 18:16:00 | 只看该作者 Only view this author
在轨迹文件中虚拟出你需要的质心原子,再用这些原子做RDF分析?
不太清楚MDAnalysis里有没有直接的功能
可以自己写个脚本弄出这些虚拟质心再计算

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发表于 Post on 2023-8-18 04:56:42 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS的gmx rdf结合选择语句自己就可以实现。参考




类似地,molcom of后面也可以接别的,比如一批原子名之类,实现选择某个片段的质心。

如果是其它程序用户,也可以想办法借用此工具。
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发表于 Post on 2023-8-18 09:29:25 | 只看该作者 Only view this author
我记得travis有这个功能,你试试看
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分子模拟晶戈

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发表于 Post on 2023-8-24 19:23:40 | 只看该作者 Only view this author
把每一个frame的质心的坐标读出来 然后处理就行 rdf本质上就是每一个frame的距离算出来的

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发表于 Post on 2023-11-9 15:23:30 | 只看该作者 Only view this author
定义几个原子group,然后对每一帧计算group的质心然后算分布?直接调用rdf不知道行不行啊。
ps:我觉得MDA的算法优化其实挺差的,不建议使用这个库,可以看看freud

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