钴铝层状双金属氢氧化物（LDH）在盐溶液中的离子传输行为，能量最小化过程中报错

wangs · 发表于 Post on 2023-9-15 15:49:40

各位老师好，我的体系是研究钴铝层状双金属氢氧化物（LDH）在盐溶液中的离子传输行为，初始模型如下：

（由于实验上对LDH进行打孔，所以模型上我挖去了两个LDH的单胞），力场选择的是clayff，通过将clayff力场添加到sobtop力场库中，生成了ldh的拓扑文件，其中钴原子的原子类型用UFF力场描述，电荷用REPEAT电荷描述，但是在能量最小化报错，并且ldh结构散掉，

想问下各位老师，我是哪里没有考虑到，问题出在LDH模型上吗还是拓扑上？
附件内是结构，mdp和拓扑文件

牧生 · 发表于 Post on 2023-9-15 19:01:53

http://bbs.keinsci.com/thread-18848-1-1.html

第二楼。我觉得大概率你的top不对，或者include和分子出现的顺序不对应

wangs · 发表于 Post on 2023-9-18 16:51:00

牧生发表于 2023-9-15 19:01
http://bbs.keinsci.com/thread-18848-1-1.html

第二楼。我觉得大概率你的top不对，或者include和分子 ...

好的多谢老师指点，我再检查检查

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[GROMACS] 钴铝层状双金属氢氧化物（LDH）在盐溶液中的离子传输行为，能量最小化过程中报错