VMD如何获得每一帧的盒子大小

danyj

如题，计算需要涉及到获得每一帧的盒子尺寸，发现不能像原子选择一样直接"pbc get frame $i"，应该如何实现呢

lucky1999

可以通过molinfo top get { a b c }得到某一帧盒子的大小信息。通过molinfo top set frame [帧数]切换不同的帧。

对抗路达摩

我不会用VMD读取，但如果你愿意用python的MDAnalysis的话，只需要直接读取u.dimensions就行。u是你的universe。

对抗路达摩

1. import MDAnalysis as mda
   
2. u = mda.Universe('md.tpr','md.xtc')
   
3. for ts in u.trajectory:
   
4.     box = u.dimensions
   
5.     print(box)

复制代码

sobereva

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里正好有个我写的现成的VMD脚本可以干这个