[已解决]如何设置能够令我当前的分子处于刚性(形状不发生改变)的状态？

Lym · 发表于 Post on 2023-10-1 10:00:29

本帖最后由 Lym 于 2023-10-2 12:08 编辑

当前在Martini3.0.0力场下，我体系中的纳米分子,我的能量最小化mdp文件

min.mdp (493 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) ，我想令纳米分子的形状在后续跑分子动力学的过程其形状保持不变。
但是当前，仅经历能量最小化，其结构就发生了很大的变化:

请问: 当前是我的itp文件或者min.mdp文件中哪里设置需要改正的地方么？
恳请各位老师能够指点我一下。

webb · 发表于 Post on 2023-10-1 22:34:44

对分子使用冻结组

rdcfm1223 · 发表于 Post on 2023-10-1 22:47:04

使用freeze或者restraint。可以见老师的这个博文：http://sobereva.com/10。
但是我在组里的2022.5版本gmx上使用freeze，未知原因出现了一个Frozen atoms not supported的报错。不知道是不是gmx砍功能升级的原因。
在2020.6上可以正常运行，freeze的原子就会固定在原地。

chenzhe · 发表于 Post on 2023-10-2 08:43:04

webb 发表于 2023-10-1 22:34
对分子使用冻结组

楼主的意思应该是团簇内部保证不发生位移，整体一起动的刚性颗粒。冻结就一动不动了

chenzhe · 发表于 Post on 2023-10-2 08:45:21

如果是要原子一动不动，那冻结
如果是整体可以动，但内部坐标不变的刚性处理。gmx没有内置这个，要么更改源码，要么把各个原子之间用添加限制势或者干脆拿键连起来设置一个很大的键的力常数

Lym · 发表于 Post on 2023-10-2 09:41:13

chenzhe 发表于 2023-10-2 08:45
如果是要原子一动不动，那冻结
如果是整体可以动，但内部坐标不变的刚性处理。gmx没有内置这个，要么更改 ...

感谢您的回答，我当前确实是想让原子整体可以动，但是内部坐标保持不变的刚性处理。我在itp文件中已经让任意两个Si原子之间的力常数为12500，但是只进行能量最小化，就发现这个纳米分子的结构发生了很大的改变，如我发的帖子所展示的图片那样。
请问您提到的：”要么把各个原子之间用添加限制势“，请问这个应该如何实现呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-10-2 10:50:13

chenzhe 发表于 2023-10-2 08:45
如果是要原子一动不动，那冻结
如果是整体可以动，但内部坐标不变的刚性处理。gmx没有内置这个，要么更改 ...

太大的力常数容易崩哦，gmx的话一个分子10个约束以内可以用shake，多的话就没办法了

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