求助：如何牵引一个较大的Cu基板（30912个原子）

bxc · 发表于 Post on 2023-10-11 11:03:34

本帖最后由 bxc 于 2023-10-20 20:42 编辑

应导师要求已删除

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-11 13:03:58

你先跑个不带pull的常规动力学，看看结构能否维持住。可能根本就不是pull的事
如果能维持住，不考虑水，只考虑pull金属板，看看结构是否正常
参数和设置正常的情况下，不可能因为存在水就把金属板弄成那样

牧生 · 发表于 Post on 2023-10-11 13:27:35

你这个单质Cu的参数，是从哪里来的？如果是从J. Phys. Chem. C, Vol. 112, No. 44, 2008来的，应该就没问题

bxc · 发表于 Post on 2023-10-11 19:05:49

sobereva 发表于 2023-10-11 13:03
你先跑个不带pull的常规动力学，看看结构能否维持住。可能根本就不是pull的事
如果能维持住，不考虑水，只 ...

老师您好，体系我已经NVT过了，NVT了10ns，没问题，我把水删除了跑了下还是会散开

bxc · 发表于 Post on 2023-10-11 19:06:59

牧生发表于 2023-10-11 13:27
你这个单质Cu的参数，是从哪里来的？如果是从J. Phys. Chem. C, Vol. 112, No. 44, 2008来的，应该就没问题

您好，铜的LJ参数我是自己调的，是为了把水滴在板表面的接触角调成100度

牧生 · 发表于 Post on 2023-10-11 21:01:45

本帖最后由牧生于 2023-10-11 21:12 编辑

bxc 发表于 2023-10-11 19:06
您好，铜的LJ参数我是自己调的，是为了把水滴在板表面的接触角调成100度

文献作者们可不是闲得慌，他们花了巨大的力气搞出来的参数，不是可以让你自己来随意调的。除非你有十足的证据表明你的参数更好。

显然，你的结果已经证明了你的参数不太行。

bxc · 发表于 Post on 2023-10-12 08:45:42

牧生发表于 2023-10-11 21:01
文献作者们可不是闲得慌，他们花了巨大的力气搞出来的参数，不是可以让你自己来随意调的。除非你有十足的 ...

明白老师，我还想问下，全用他的参数，有什么办法把接触角调成我想要的那

牧生 · 发表于 Post on 2023-10-12 10:09:54

本帖最后由牧生于 2023-10-12 13:10 编辑

bxc 发表于 2023-10-12 08:45
明白老师，我还想问下，全用他的参数，有什么办法把接触角调成我想要的那

建立一个大水球，然后用vmd取上半截（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html），自己靠感觉截取的角度差不多了，就把水球另存。

然后packmol把Cu板和水球放到一起，再在vmd里面拖动水的REP，放到合适的位置。

但我直觉上认为，真实情况下，水滴在Cu板上的接触角不是你想要的。所以你建好模型后，应该跑一个nvt，让水球自然分布在Cu板上，然后再进行你的pull。

你用constraint的目的是什么？保持Cu板的形状吗？只要用文献的参数，不需要额外设定，就能保持Cu的形状的，你可以直接pull这个Cu板，也可以给Cu板设置一个初速度，让Cu自然的滑动移走。

bxc · 发表于 Post on 2023-10-13 09:45:26

牧生发表于 2023-10-12 10:09
建立一个大水球，然后用vmd取上半截（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html），自己靠感觉截取 ...

好嘞，感谢！

bxc · 发表于 Post on 2023-10-16 10:36:39

本帖最后由 bxc 于 2023-10-20 20:40 编辑

1

牧生 · 发表于 Post on 2023-10-16 11:02:45

本帖最后由牧生于 2023-10-16 11:20 编辑

大概率是这里不对。

水的接触角还保持100度是通过在ffnonbonded.itp中加[ nonbond_params ]设置特定的水与板的LJ参数来实现的

复制代码

你不应该自己去随便调参数，因为

但我直觉上认为，真实情况下，水滴在Cu板上的接触角不是你想要的。所以你建好模型后，应该跑一个nvt，让水球自然分布在Cu板上，然后再进行你的pull。

复制代码

你非要人为调参数，去让接触角保持100度，这个思想就不太合理。

正确做法是，铜就用铜的参数，水就用水的参数，跑一下nvt，出来的接触角是啥样就啥样。然后再对这个NVT以后的体系进行去pull，此时的系综推荐使用NVE（如果你仍然使用NVT，有几个水分子会到处飞）。

如果参照我上面的方法做了，Cu板还是会断裂的话，那就不用pull了，直接在nvt以后得到的gro文件中，给Cu板直接加上一个初速度，让Cu板自然匀速的滑走，然后看水滴的形态变化（用NVE）。

bxc · 发表于 Post on 2023-10-16 11:28:15

牧生发表于 2023-10-16 11:02
大概率是这里不对。

老师，完全不调参数的我也跑了，也会断开，我都是严格按照步骤先em在nvt再pull的，而且，[ nonbond_params ]里只会影响水与板的作用，不会影响板内部的作用，理论上来说不是这个影响的吧。难道是不能用Verlet邻区列表构建吗，我看sob老师培训书里用的group

bxc · 发表于 Post on 2023-10-16 11:38:31

牧生发表于 2023-10-16 11:02
大概率是这里不对。

收到老师，恳请在问下，如何给板加初速度呀，NVE的参数要注意什么，还没有使用过

牧生 · 发表于 Post on 2023-10-16 11:45:58

本帖最后由牧生于 2023-10-16 12:40 编辑

bxc 发表于 2023-10-16 11:38
收到老师，恳请在问下，如何给板加初速度呀，NVE的参数要注意什么，还没有使用过

http://bbs.keinsci.com/thread-37958-1-1.html 1楼红色字体就是加的速度

既不控温，也不控压就是NVE了

只要使用文献中的铜参数，就是合理的，用初速度使Cu板移动时，不需要冻结任何原子

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