NAMD周期性边界条件设定的问题

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-7 14:39:52

本帖最后由 zhaoxin 于 2016-9-7 14:43 编辑

在对三氯甲烷盒子跑平衡时总是提示周期性边界条件小，试很多次调大，还是不行，不知道周期性边界条件到底怎么设定才行

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-9-7 14:43:41

首先你设定的盒子边界要略大于真实的盒子边界，然后把压力控制打开，还出错的话就把margin调大一点

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-7 14:59:21

fhh2626 发表于 2016-9-7 14:43
首先你设定的盒子边界要略大于真实的盒子边界，然后把压力控制打开，还出错的话就把margin调大一点

嗯嗯，试试看，谢谢

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-7 15:06:47

zhaoxin 发表于 2016-9-7 14:59
嗯嗯，试试看，谢谢

我试了，刚才又试了一下，压力打开的，然后margin也调大了，但还有问题当调到4后就会出现新的问题，跑不下去了

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-9-7 23:22:04

zhaoxin 发表于 2016-9-7 15:06
我试了，刚才又试了一下，压力打开的，然后margin也调大了，但还有问题当调到4后就会出现新的问题，跑不 ...

什么问题？

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-9-7 23:22:07

zhaoxin 发表于 2016-9-7 15:06
我试了，刚才又试了一下，压力打开的，然后margin也调大了，但还有问题当调到4后就会出现新的问题，跑不 ...

什么问题？

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-8 08:28:54

fhh2626 发表于 2016-9-7 23:22
什么问题？

已经解决啦，是我设的边界太大了，麻烦啦

Marsxy · 发表于 Post on 2023-3-28 18:06:57

请问怎么设置对称周期呀？

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[NAMD] NAMD周期性边界条件设定的问题