求助，ORCA优化182原子的有机分子结构报错，orca_scf_mpi

kaiyuan

各位老师好，我这边用用社长写的RESP2_ORCA.sh计算RESP2电荷，在结构优化阶段报错，请问有什么建议吗？
分子为含有182个原子的有机分子，含C N O Br。
10个核并行，32G内存，不设置%maxcore。
标准输出：

[:244226] *** Process received signal ***
[:244226] Signal: Segmentation fault (11)
[:244226] Signal code: Address not mapped (1)
[:244226] Failing at address: (nil)
[:244226] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x42520)[0x14de09042520]
[:244226] [ 1] /usr/local/orca504/liborca_tools_5_0_4_mpi.so.5(_ZN8TSMDData24calculateAtomSurfaceAreaEv+0x194)[0x14de11389124]
[:244226] [ 2] /usr/local/orca504/liborca_tools_5_0_4_mpi.so.5(_ZN8TSMDData10calcSMDCDSEv+0x35c)[0x14de11388f6c]
[:244226] [ 3] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x54ef43]
[:244226] [ 4] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x42bd56]
[:244226] [ 5] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x432a3a]
[:244226] [ 6] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x433134]
[:244226] [ 7] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x29d90)[0x14de09029d90]
[:244226] [ 8] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0x80)[0x14de09029e40]
[:244226] [ 9] /usr/local/orca504/orca_scf_mpi[0x425252]
[:244226] *** End of error message ***
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 0 on node  exited on signal 11 (Segmentation fault).
--------------------------------------------------------------------------
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

不小心覆盖掉opt.out了....正在重新跑
只记得有显示 diagonal Hessian elements are negative 以及 negative homo - lumo gap
然后在下一步程序崩溃

更新：
16核并行，opt.out:
opt.out.tar.gz (367.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

2023-10-19 12:27 上传 Uploaded

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WARNING : negative HOMO - LUMO gap : -0.000104
    5     dE    -2.335589e-11     5.700156e-06                           (NR   MIcro)
    5     dE    -2.493590e-11     1.494171e-06                           (NR   MIcro)
    5     dE    -2.508607e-11     8.312452e-07                           (NR   MIcro)
WARNING: 1 diagonal Hessian elements are negative!
    6      -6768.172464356899     2.442498e-06                           (NR   MAcro)
WARNING : negative HOMO - LUMO gap : -0.000104

               *****************************************************
               *                     SUCCESS                       *
               *           SCF CONVERGED AFTER  72 CYCLES          *
               *****************************************************


ORCA finished by error termination in SCF
Calling Command: mpirun -np 16  /usr/local/orca504/orca_scf_mpi opt.gbw b opt
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

wzkchem5

报错原因说得很清楚了，_ZN8TSMDData24calculateAtomSurfaceAreaEv，说明是SMD溶剂模型计算原子表面积的时候崩溃。
这里原则上不应该崩溃，如果崩溃可能是因为OMP_STACKSIZE设得不够

yuyangzap

先把内存加够了再说，orca很多崩溃都是内存不足

kaiyuan

wzkchem5 发表于 2023-10-19 14:37
报错原因说得很清楚了，_ZN8TSMDData24calculateAtomSurfaceAreaEv，说明是SMD溶剂模型计算原子表面积的时 ...

请问OMP_STACKSIZE设多大比较合适？我设成1000M，然后12核并行，maxcore为2000，还是出现类似错误。

kaiyuan

yuyangzap 发表于 2023-10-19 15:43
先把内存加够了再说，orca很多崩溃都是内存不足

请问是设置maxcore吗？我不设置的情况下12/16核会吃60%左右（机器内存共32G），峰值会吃满。

元无虚空

体系这么大 有好几个柔性支链 确定不先用半经验或者力场来搞个构象搜索 再来优化？

wzkchem5

kaiyuan 发表于 2023-10-19 08:58
请问OMP_STACKSIZE设多大比较合适？我设成1000M，然后12核并行，maxcore为2000，还是出现类似错误。

如果机器内存允许，设到4000M没啥问题。如果内存不允许，可以降低核数试试，因为不管OMP_STACKSIZE还是maxcore都是每个核用的内存。保险起见要求(OMP_STACKSIZE+maxcore)*nprocs小于总物理内存的80%，但这个可能不是严格必需的，因为程序OpenMP并行的部分和MPI并行部分的内存使用并不是同时达到峰值

sobereva

对于算有机体系原子电荷的目的，结构优化用半经验或GFN-xTB通常就够了，没必要花很多时间对两百左右甚至更大体系做DFT的结构优化

kaiyuan

wzkchem5 发表于 2023-10-19 23:36
如果机器内存允许，设到4000M没啥问题。如果内存不允许，可以降低核数试试，因为不管OMP_STACKSIZE还是ma ...

好的，谢谢，机器内存还是有点小...

kaiyuan

sobereva 发表于 2023-10-20 07:55
对于算有机体系原子电荷的目的，结构优化用半经验或GFN-xTB通常就够了，没必要花很多时间对两百左右甚至更 ...

谢谢社长，装了一下xtb，然后用ORCA调用xtb优化结构，但是不太清楚关键词该怎么写（没怎么接触过量化），用了以下关键词，但是会出现lambda equations have not converged，或者优化后的结构明显不合理（原子间距离明显过近），请问是我输入文件写的不合理吗？
! XTB2 opt
! ALPB(water)
%maxcore 2000
%pal nprocs 24 end
%geom Convergence loose end

kaiyuan

折腾了一会感觉搞不定，准备简化体系了
目前的体系中的分子有三个长的支链，是为了得到RESP电荷来跑后续的分子动力学模拟，最终要跑MD的体系中含一个蛋白共价连接100个单体
准备分别截出一个单体封端进行计算

wzkchem5

kaiyuan 发表于 2023-10-20 13:17
谢谢社长，装了一下xtb，然后用ORCA调用xtb优化结构，但是不太清楚关键词该怎么写（没怎么接触过量化）， ...

大分子的半经验优化应该用L-Opt而非Opt，Opt是在内坐标下用RFO算法优化，迭代步数少，但每步预测新结构耗时多，且有一定概率fail；L-Opt是在直角坐标下用L-BFGS算法优化，迭代步数多，但每步预测新结构耗时极少，且几乎不会fail（尤其不受三原子共线等因素影响）。因此对于大体系，用非常便宜的方法优化时（即计算能量、梯度，比从当前能量梯度预测下一步结构还要快），应当用L-Opt

kaiyuan

wzkchem5 发表于 2023-10-20 23:18
大分子的半经验优化应该用L-Opt而非Opt，Opt是在内坐标下用RFO算法优化，迭代步数少，但每步预测新结构耗 ...

十分感谢，调整之后优化成功了

sobereva

kaiyuan 发表于 2023-10-20 20:17
谢谢社长，装了一下xtb，然后用ORCA调用xtb优化结构，但是不太清楚关键词该怎么写（没怎么接触过量化）， ...

直接用xtb程序优化就完了，借用其它程序来调用只会严重降低效率，自取其辱。倘若是优化过渡态，再说用别的程序调用的事
xtb基本用法这里都说了
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）