求助转换为pdbqt格式后双键变成单键的问题

charmm36

尊敬的、热心的各位老师和前辈，当我用AutoDock Tools 1.5.6将全反视黄醇的pdb结构转变为pdbqt格式后，原来结构中的双键都变成了单键（见下图），请问怎么解决？万分拜谢！

Serious

1）可能是显示问题，看看双键在不在BRANCH项里就好；

charmm36

Serious 发表于 2023-10-23 10:14
1）可能是显示问题，看看双键在不在BRANCH项里就好；

好的，刚看了，在原来的pdb中没有BRANCH项，但是pdbqt中有这一项。请问这是显示的问题吗？另外对对接结构有影响吗？烦请指教！非常感谢！

#pdbqt文件内容如下：
REMARK  6 active torsions:
REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
REMARK    1  A    between atoms: O_1  and  C_21
REMARK    2  A    between atoms: C_5  and  C_10
REMARK    3  A    between atoms: C_12  and  C_13
REMARK    4  A    between atoms: C_15  and  C_16
REMARK    5  A    between atoms: C_17  and  C_18
REMARK    6  A    between atoms: C_20  and  C_21
ROOT
HETATM    1  C   UNL     1      -2.139  -0.707  -0.384  1.00  0.00     0.009 C
HETATM    2  C   UNL     1      -0.926  -0.159  -0.212  1.00  0.00     0.007 C
ENDROOT
BRANCH   2   3
HETATM    3  C   UNL     1       0.370  -0.822  -0.392  1.00  0.00    -0.062 C
HETATM    4  C   UNL     1       0.349  -2.270  -0.815  1.00  0.00     0.048 C
HETATM    5  C   UNL     1       1.492  -0.104  -0.171  1.00  0.00     0.007 C
BRANCH   5   6
HETATM    6  C   UNL     1       2.869  -0.548  -0.287  1.00  0.00     0.001 C
HETATM    7  C   UNL     1       3.913   0.262  -0.039  1.00  0.00     0.006 C
BRANCH   7   8
HETATM    8  C   UNL     1       5.335  -0.087  -0.127  1.00  0.00    -0.064 C
HETATM    9  C   UNL     1       5.681  -1.494  -0.539  1.00  0.00     0.048 C
HETATM   10  C   UNL     1       6.250   0.863   0.160  1.00  0.00     0.005 C
BRANCH  10  11
HETATM   11  C   UNL     1       7.742   0.757   0.144  1.00  0.00     0.192 C
BRANCH  11  12
HETATM   12  O   UNL     1       8.231   1.090   1.438  1.00  0.00    -0.397 OA
HETATM   13  H   UNL     1       7.910   0.411   2.057  1.00  0.00     0.209 HD
ENDBRANCH  11  12
ENDBRANCH  10  11
ENDBRANCH   7   8
ENDBRANCH   5   6
ENDBRANCH   2   3
BRANCH   1  14
HETATM   14  C   UNL     1      -3.378   0.026  -0.184  1.00  0.00    -0.048 C
HETATM   15  C   UNL     1      -4.506  -0.753   0.533  1.00  0.00    -0.020 C
HETATM   16  C   UNL     1      -5.865  -0.006   0.439  1.00  0.00     0.014 C
HETATM   17  C   UNL     1      -4.742  -2.147  -0.097  1.00  0.00     0.020 C
HETATM   18  C   UNL     1      -4.139  -0.943   2.022  1.00  0.00     0.020 C
HETATM   19  C   UNL     1      -5.724   1.480   0.716  1.00  0.00     0.005 C
HETATM   20  C   UNL     1      -4.784   2.113  -0.299  1.00  0.00     0.034 C
HETATM   21  C   UNL     1      -3.526   1.315  -0.578  1.00  0.00    -0.077 C
HETATM   22  C   UNL     1      -2.501   2.133  -1.329  1.00  0.00     0.044 C
ENDBRANCH   1  14
TORSDOF 6

Serious

charmm36 发表于 2023-10-23 10:33
好的，刚看了，在原来的pdb中没有BRANCH项，但是pdbqt中有这一项。请问这是显示的问题吗？另外对对接 ...

1）pdbqt的BRANCH项就是可旋转键，比如“BRANCH   2   3”指的是2，3号原子间为可旋转键；含双键的pdb文件转成pdbqt，显示上是单键；
2）不影响对接，构型是一样的，试一试就知道了；

charmm36

Serious 发表于 2023-10-23 15:21
1）pdbqt的BRANCH项就是可旋转键，比如“BRANCH   2   3”指的是2，3号原子间为可旋转键；含双键的pdb文 ...

好的好的，非常感谢！