求助：能否用分子动力学模拟的方法去预测受体和不同配体之间的互作关系

qiaozhao · 发表于 Post on 2023-10-30 10:44:40

我目前在做一个GPCR蛋白家族的祖先蛋白溯源，我想向各位老师请教一下，我能否通过分子动力学模拟的方式去判断一个配体能否与受体相互作用，
举个例子就是，我现在有受体A，以及配体B\C\D\E\F\G，我能否用分子动力学模拟的方式相对独立的去预测，BCDEFG中各个配体能否与受体互作，如果不可以的话，各位老师知不知道有什么方法可以在生信分析的角度上预测一个配体能否与受体相互作用嘛
备注：有这个困惑是因为，在实验条件下我发现有一组受配体一定不互作，但我用分子对接的方式（软件是autodock vina）显示两者是可以互作的，所以我想请教各位老师有没有什么方法可以预测受体配体的相互作用

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-31 06:23:49

分子对接给出你一个复合物结构不意味着这个结构就是能稳定存在的，用诸如GROMACS做分子动力学跑一下进行验证便知。或者通过MMPBSA、FEP等方法计算结合自由能，以此从热力学角度判断结合的自发性。

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-10-31 09:57:47

吐槽下，互作这个词是从啥时候冒出来的。。。我在计算化学这个领域都没听说过这个词

lrx.mp3 · 发表于 Post on 2023-11-1 12:44:11

fhh2626 发表于 2023-10-31 09:57
吐槽下，互作这个词是从啥时候冒出来的。。。我在计算化学这个领域都没听说过这个词

医学里或者生物学领域倒是出现得蛮多的，比如蛋白质相互作用，就喜欢写成蛋白互作，类似仪器也会被叫成“分子互作仪”....

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[GROMACS] 求助：能否用分子动力学模拟的方法去预测受体和不同配体之间的互作关系

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