使用packmol建模分子与盒子之间有间隙会对之后的npt模拟有影响吗

Jus · 发表于 Post on 2023-10-31 10:19:06

本帖最后由 Jus 于 2023-10-31 10:21 编辑

使用packmol构建改性二氧化硅的固液体系，无论怎么调试液相和改性二氧化硅的位置，液相的边界始终与盒子边界有间隙，请问这会影响到之后的动力学模拟吗

牧生 · 发表于 Post on 2023-10-31 10:27:33

NPT以后会自发调节到合理的位置。

Jus · 发表于 Post on 2023-10-31 10:33:40

牧生发表于 2023-10-31 10:27
NPT以后会自发调节到合理的位置。

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[GROMACS] 使用packmol建模分子与盒子之间有间隙会对之后的npt模拟有影响吗