计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1355|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[建模与可视化] 求助:如何精确地沿着某一个键移动原子

[复制链接 Copy URL]

166

帖子

0

威望

613

eV
积分
779

Level 4 (黑子)

极天的流星雨

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
例如体系中我有A类原子B类原子,我想将某个A原子精确地沿着A-B键的方向移动,应如何对准呢?谢谢
主要使用软件:VASP
目前从事稀土发光相关的第一性原理计算。
以前曾从事:蛋白质水溶液的分子动力学计算(NAMD、Gromacs);钙钛矿相关的第一性原理计算。

39

帖子

0

威望

717

eV
积分
756

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2023-11-1 14:27:49 | 只看该作者 Only view this author
用的是什么软件

393

帖子

1

威望

5147

eV
积分
5560

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2023-11-1 14:28:01 | 只看该作者 Only view this author
GaussView调整键长?

166

帖子

0

威望

613

eV
积分
779

Level 4 (黑子)

极天的流星雨

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-1 14:28:54 | 只看该作者 Only view this author
Yaocy 发表于 2023-11-1 14:27
用的是什么软件

能实现都可以吧,我现在建模用的是Materials Studio多一点
主要使用软件:VASP
目前从事稀土发光相关的第一性原理计算。
以前曾从事:蛋白质水溶液的分子动力学计算(NAMD、Gromacs);钙钛矿相关的第一性原理计算。

166

帖子

0

威望

613

eV
积分
779

Level 4 (黑子)

极天的流星雨

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-1 14:29:38 | 只看该作者 Only view this author
exity 发表于 2023-11-1 14:28
GaussView调整键长?

会不会没法自定义要动的是哪个原子?比如主楼里那个,我是希望b原子固定的
主要使用软件:VASP
目前从事稀土发光相关的第一性原理计算。
以前曾从事:蛋白质水溶液的分子动力学计算(NAMD、Gromacs);钙钛矿相关的第一性原理计算。

39

帖子

0

威望

717

eV
积分
756

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2023-11-1 14:31:38 | 只看该作者 Only view this author
shinkon 发表于 2023-11-1 14:29
会不会没法自定义要动的是哪个原子?比如主楼里那个,我是希望b原子固定的

Gaussview可以自定义要动的是哪个原子,在调整界面把想要固定的调成Fixed

166

帖子

0

威望

613

eV
积分
779

Level 4 (黑子)

极天的流星雨

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-1 14:33:36 | 只看该作者 Only view this author
Yaocy 发表于 2023-11-1 14:31
Gaussview可以自定义要动的是哪个原子,在调整界面把想要固定的调成Fixed

好,我学习一下
主要使用软件:VASP
目前从事稀土发光相关的第一性原理计算。
以前曾从事:蛋白质水溶液的分子动力学计算(NAMD、Gromacs);钙钛矿相关的第一性原理计算。

323

帖子

0

威望

1978

eV
积分
2301

Level 5 (御坂)

8#
发表于 Post on 2023-11-1 14:57:28 | 只看该作者 Only view this author
不明觉厉,根据两个原子坐标得到方向向量,沿着方向向量移动原子坐标不行么

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 17:18 , Processed in 0.164053 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list