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[GROMACS] 求助GROMACS安装后测试简单水盒子速度太慢

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楼主
本帖最后由 lishen123 于 2023-11-9 21:05 编辑

新手安装好GROMACS后,按照sob老师的最简单的水盒子的常温常压模拟测试,发现一天只能跑9ns。服务器是CPU72核的。附近是log文件,请教老师安装的时候哪里出了问题?

waterbox.top

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发表于 Post on 2023-11-3 03:47:25 | 只看该作者 Only view this author
起码上传个mdp和结构文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-3 09:20:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-3 03:47
起码上传个mdp和结构文件

老师,已经上传了,麻烦老师帮忙看看。

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发表于 Post on 2023-11-3 11:09:21 | 只看该作者 Only view this author
你这看上去,是用单核跑的……肯定会慢的吧?

202311031109023699..png (44.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

202311031109023699..png

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发表于 Post on 2023-11-4 04:54:49 | 只看该作者 Only view this author
上传输入的mdp,别上传臃肿的mdout.mdp
貌似你开了GB,不慢才怪
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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