想问一下两个结构自由能为什么相差这么大

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-12-6 15:39:29

最近在写论文，遇到一个问题想请教一下大家，就是两个结构只相差一个水分子（就是第一步反应物脱去一个水，然后作为第二步的反应物）但是他们的自由能相差70多个Hartree，这导致我在画势能面的图时（纵坐标为kcal）由于两个结构自由能相差太多无法画在同一张图上，想问下大家为什么两个结构能量相差这么多或者有在画势能面的图时有没有什么好办法（我现在的处理办法是把第二步反应物的能量当作0来看的，但是老师说这样不太合理）。

fatpig · 发表于 Post on 2023-12-6 18:47:58

1. 使用kcal/mol做单位时，仅需保留一位小数；
2. IS2/TS2/IM2加上一个水的能量放入图中，那个水不是没了，只是在无穷远处；
3. 或者删掉IS2，将IM1直接连TS2，两者的连线旁画一个水飞走的标志，TS2的能量改为54.5.

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-12-6 21:21:09

fatpig 发表于 2023-12-6 18:47
1. 使用kcal/mol做单位时，仅需保留一位小数；
2. IS2/TS2/IM2加上一个水的能量放入图中，那个水不是没了 ...

1.好的
2.您的意思是这三个结构分别加上一个水然后就和前面的能量差不多了？但是我的反应路径是IM1减去一个水然后这个结构才是第二步反应物。
3.我看到过这种画法，但是这个-H2O放在哪里合适呢？我感觉IM1——TS2是下一个反应的过程，这个反应不是脱水的，把水飞走的标志画在两者之间不合适。

dnlx · 发表于 Post on 2023-12-6 23:42:15

你的体系的问题是能垒太高了，这需要多高的温度才能观测到反应，和实验结果肯定严重不符合。

建议计算反应速度：
http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-7 03:05:25

化学组成不同的体系之间能量求差毫无意义
能量相差能大于1 Hartree的，100%是化学组成不同

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-12-7 12:50:07

dnlx 发表于 2023-12-6 23:42
你的体系的问题是能垒太高了，这需要多高的温度才能观测到反应，和实验结果肯定严重不符合。

建议计算反 ...

这个是没加催化剂的情况，事实就是能垒太高。现在的问题是怎么画势能面的问题。

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-12-7 12:51:40

sobereva 发表于 2023-12-7 03:05
化学组成不同的体系之间能量求差毫无意义
能量相差能大于1 Hartree的，100%是化学组成不同

sob老师您知道我上述提的问题就是这个画势能面的问题有什么好的方法嘛？

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[新手求助] 想问一下两个结构自由能为什么相差这么大