用vaspkit处理原子着色遇到问题

akun · 发表于 Post on 2023-12-15 21:41:50

各位老师好，我用vaspkit处理bader电荷的文件，vaspkit教程上说要生成bader.pqr文件，我前面的文件都拿到了，到最后一步的时候出现了这种报错，请问各位老师这种情况该怎么解决？谢谢

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-12-17 12:38:26

这个是显示你没有设置Anaconda环境以及python运行路径

akun · 发表于 Post on 2023-12-19 20:19:48

Weldingspock 发表于 2023-12-17 12:38
这个是显示你没有设置Anaconda环境以及python运行路径

老师您好，请问Anaconda环境以及python运行路径怎么设置？我是编程小白一枚，

且服务器上只有python，我把python里的路径放到环境变量中是否可行？

shinkon · 发表于 Post on 2023-12-20 02:12:16

akun 发表于 2023-12-19 20:19
老师您好，请问Anaconda环境以及python运行路径怎么设置？我是编程小白一枚，且服务器上只有python， ...

可以啊

akun · 发表于 Post on 2023-12-25 09:18:33

akun 发表于 2023-12-19 20:19
老师您好，请问Anaconda环境以及python运行路径怎么设置？我是编程小白一枚，且服务器上只有python， ...

老师，我把python放到环境变量里面了，但还是出现跟上面一样的报错信息

akun · 发表于 Post on 2023-12-25 09:18:58

shinkon 发表于 2023-12-20 02:12
可以啊

老师，我把python放到环境变量里面了，但还是出现跟上面一样的报错信息，不知道是什么原因引起的

pal · 发表于 Post on 2023-12-25 09:24:49

直接在命令行输入python3看看找不找得到呗，可能1：python版本不对，可能2：改了环境变量，没有source生效

akun · 发表于 Post on 2023-12-25 12:49:09

pal 发表于 2023-12-25 09:24
直接在命令行输入python3看看找不找得到呗，可能1：python版本不对，可能2：改了环境变量，没有source生效

老师。输入python3 和运行vaspkit 508功能，都会出现一下的信息，请问这种情况该怎么处理呢？

508
Python 3.6.8 (default, Nov 14 2023, 16:29:52)
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

python3
Python 3.6.8 (default, Nov 14 2023, 16:29:52)
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

pal · 发表于 Post on 2023-12-25 14:11:39

akun 发表于 2023-12-25 12:49
老师。输入python3 和运行vaspkit 508功能，都会出现一下的信息，请问这种情况该怎么处理呢？

508

那就是路径里已经有python的位置了，命令行输入which python3出现的路径是/home/wang/anaconda3/bin/么

akun · 发表于 Post on 2023-12-26 09:39:37

pal 发表于 2023-12-25 14:11
那就是路径里已经有python的位置了，命令行输入which python3出现的路径是/home/wang/anaconda3/bin/么

不是，老师，是这个
which python
/u s r/bin/python

akun · 发表于 Post on 2023-12-26 09:44:56

akun 发表于 2023-12-26 09:39
不是，老师，是这个
which python
/u s r/bin/python

我之前弄了一个 python，把路径弄成 /home/wang/anaconda3/bin/了，但还是不行，结果发现服务器上还有一个python，路径是这个/u s r/bin/python，

pal · 发表于 Post on 2023-12-26 10:00:00

akun 发表于 2023-12-26 09:44
我之前弄了一个 python，把路径弄成 /home/wang/anaconda3/bin/了，但还是不行，结果发现服务 ...

你现在的报错信息还是在/home/wang/anaconda3/bin/python3找不到么

akun · 发表于 Post on 2024-1-2 21:28:37

pal 发表于 2023-12-26 10:00
你现在的报错信息还是在/home/wang/anaconda3/bin/python3找不到么

是的老师

whg · 发表于 Post on 2024-6-20 15:29:18

akun 发表于 2024-1-2 21:28
是的老师

请问你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2024-9-21 17:55:14

whg 发表于 2024-6-20 15:29
请问你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题

这是因为你还没在.vaspkit文件中设置python的路径，你在你的账户下which python找到路径，复制到.vaspkit文件中，保存后，再source几遍.bashrc文件

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