关于使用超算调度系统 sobEDA如何调用g16的疑问

Finale

我的服务器上的g16是使用超算调度系统来调用的，运行命令就比如 bsub < g16.bsub, 请问这种情况应该如何更改 sobEDA.sh 中调用 g16 的语句呢？

sobereva

尽可能在自己的服务器上跑，避免用超算
至少sobEDA.sh脚本没有考虑在超算上运行的情况，需要自己折腾

cook

请问后续如何解决，您现在能在超算上做sobEDA了吗？

laoman

cook 发表于 2024-6-21 18:18
请问后续如何解决，您现在能在超算上做sobEDA了吗？

这个没啥好折腾的，在同一目录再写一个外部提交任务的脚本，以slurm为例：
#!/bin/bash
#SBATCH -J job_name
#SBATCH -A account
#SBATCH -N 1
#SBATCH -c 32 #对应于template.gjf里的%nproc=32)
#SBATCH -t 05:00:00

module load gaussian/16.c01 #或者source 都行。
./sobEDA

#如果超算上运行g16不是直接运行而是改了名字或者多写了一个wrapper，在wrapper里slurm提交的，诸如bsub.g16等，可以看看wrapper里是怎么设置环境变量来调用Gaussian的，然后复制到上面的脚本即可。