关于MD模拟盒子大小的选择

lyfchem

各位老师， 我们在进行MD模拟时，盒子大小的选择有什么标准么，还是建模的时候自己根据所包含的分子（原子）数目而定呢

fhh2626

通常只要盒子足够大，使得模拟的分子和自身镜像没有相互作用就行了。当然能符合实验所用的浓度是最好的

sobereva

关键看模拟尺寸和体系特点。
比如模拟个球形蛋白，一般周围延展个>=1.5nm再填充水。但如果是链状并可能在模拟过程中旋转，或者做拉伸动力学，结构会变化，那就得考虑这些方面把盒子留出足够余量使得整个模拟过程中体系都不会与自身镜像相互作用。
反正都得看具体问题，情况很多。