用phonopy计算声子谱，三天了才计算这么几步，INCAR 这样设置有问题吗

wmg166 · 发表于 Post on 2024-1-12 08:52:14

请教高手，在超算上，用phonopy计算声子谱，224个原子超胞，三天了才计算这么几步，INCAR 这样设置有问题吗，还得一周多？  能算出结果吗？
Global Parameters
ISTART =  0
ISPIN  =  1
ICHARG =  2
LREAL  = .FALSE.
ENCUT  =  500
PREC =  A
LWAVE  = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
ADDGRID= .TRUE.

Electronic Relaxation
ISMEAR =  0
SIGMA  =  0.05
NELM =  90
NELMIN =  6
EDIFF  =  1E-08
GGA =  PE
ALGO =  N

Ionic Relaxation
NSW =  1
IBRION =  8
EDIFFG = -0.01

三天了才计算这么几步：

WAVECAR not read
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
DAV: 1    0.162421297901E+05 0.16242E+05 -0.63725E+05 94720 0.155E+03
DAV: 2    0.184943851918E+04 -0.14393E+05 -0.13566E+05 92160 0.427E+02
DAV: 3 -0.138850895682E+04 -0.32379E+04 -0.30213E+04143872 0.159E+02
DAV: 4 -0.183035356016E+04 -0.44184E+03 -0.41845E+03136000 0.700E+01
DAV: 5 -0.184805024328E+04 -0.17697E+02 -0.17204E+02131904 0.136E+01 0.715E+01
DAV: 6 -0.173874427651E+04 0.10931E+03 -0.94138E+02136320 0.294E+01 0.905E+01
DAV: 7 -0.170956263963E+04 0.29182E+02 -0.17536E+03144000 0.575E+01 0.365E+01
DAV: 8 -0.170631553878E+04 0.32471E+01 -0.41882E+02139328 0.212E+01 0.379E+01
DAV: 9 -0.167960806848E+04 0.26707E+02 -0.71815E+01142848 0.126E+01 0.270E+01
DAV:  10 -0.166181843469E+04 0.17790E+02 -0.58556E+01138880 0.723E+00 0.579E+00
DAV:  11 -0.166157997999E+04 0.23845E+00 -0.37654E+00143744 0.275E+00 0.373E+00
DAV:  12 -0.166134279791E+04 0.23718E+00 -0.65418E-01130240 0.101E+00 0.198E+00
DAV:  13 -0.166128136688E+04 0.61431E-01 -0.31742E-01136192 0.722E-01 0.503E-01
DAV:  14 -0.166129071696E+04 -0.93501E-02 -0.98167E-02142720 0.466E-01 0.800E-01
DAV:  15 -0.166128408314E+04 0.66338E-02 -0.37471E-02131072 0.197E-01 0.501E-01
DAV:  16 -0.166127994508E+04 0.41381E-02 -0.27399E-02141632 0.217E-01 0.139E-01
DAV:  17 -0.166127989170E+04 0.53377E-04 -0.24237E-03135232 0.757E-02 0.627E-02
DAV:  18 -0.166127987864E+04 0.13059E-04 -0.25196E-04149056 0.395E-02 0.673E-02
DAV:  19 -0.166127979219E+04 0.86448E-04 -0.31225E-04142208 0.221E-02 0.106E-02
DAV:  20 -0.166127978473E+04 0.74602E-05 -0.22234E-05140480 0.595E-03 0.477E-03
DAV:  21 -0.166127978612E+04 -0.13873E-05 -0.59681E-06143744 0.335E-03 0.498E-03

Doria · 发表于 Post on 2024-1-12 21:52:15

应该体系太大了，可以考虑增加核数或者减小超胞

乐平 · 发表于 Post on 2024-1-13 10:52:22

本帖最后由乐平于 2024-1-13 13:51 编辑

提问时尽可能把你的计算过程描述清楚，别用“算命”式提问方式，让回答者猜…… 猜错了你又要解释，这样效率很低。

我猜你这是已经完成了结构优化？然后用“DFPT”算力常数？根本还没到 phonopy 算声子谱这一步……

如果是，那么建议读取之前优化好的 WAVECAR 信息，这样能帮你减少电子步的计算（至少能减少你贴出的前 10 步），请查看 VASP wiki 手册
https://www.vasp.at/wiki/index.php/ISTART

如果嫌慢，其实还不如用“有限位移”法来做，当然，前提是你的结构对称性比较高的情况下。有限位移法看起来要计算很多个结构，但是每个结构都只是计算单点能，其实还比较快。再加上还能用 NCORE, KPAR 之类的关键词加速计算，说不定比 DFPT 方法的耗时还少一点。如何设置 NCORE, KPAR 应该根据你的体系，以及你的计算节点CPU核心数设置 NCORE，KPAR 或者 NPAR
可以看我的帖子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 259187&fromuid=1532

建议用 VASPKIT 来设置 INCAR，至少是初步的模板
请查看 VASPKIT 手册
https://vaspkit.com/tutorials.html

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最后，再问你一下，你算的体系是什么？如果是你之前问的这种有机-无机杂化钙钛矿体系哪位用ms建立过钙钛矿起爆药这种有机模型？ - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)
我劝你早点停下，换个课题，根本不可能在一两个月内算出它合理的声子谱…… 估计折腾半年都不一定有合理的声子谱

wmg166 · 发表于 Post on 2024-1-22 18:11:01

乐平发表于 2024-1-13 10:52
提问时尽可能把你的计算过程描述清楚，别用“算命”式提问方式，让回答者猜…… 猜错了你又要解释，这样效 ...

Pt 和 Ti 的化合物，2 2 2 扩胞后这样：
generated by phonopy
1.0
10.1501998901999997 0.0000000000000000 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 17.3822002409999996 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 0.0000000000000000 20.9001998901999997
Pt Ti
128 96
计算声子谱出现提示：

1 F= -.16612798E+04 E0= -.16611691E+04  d E =-.221374E+00
Linear response reoptimize wavefunctions to high precision
DAV: 1 -0.166127978541E+04 -0.13097E-08 -0.76207E-11 56256 0.230E-05
DAV: 2 -0.166127978541E+04 -0.13461E-09 0.12123E-12 54912 0.892E-06
DAV: 3 -0.166127978541E+04 0.10914E-10 0.16658E-11 54720 0.865E-06
Linear response DOF=       18
Linear response progress:
  Degree of freedom: 1/ 18
srun: error: gb1902: tasks 6,40: Killed
srun: First task exited 180s ago
srun: StepId=3815049.0 tasks 0-5,7-39,41-63: running
srun: StepId=3815049.0 tasks 6,40: exited abnormally
srun: launch/slurm: _step_signal: Terminating StepId=3815049.0
srun: Job step aborted: Waiting up to 62 seconds for job step to finish.
slurmstepd: error: *** STEP 3815049.0 ON gb1902 CANCELLED AT 2024-01-13T05:35:43 ***
slurmstepd: error: *** STEP 3815049.0 ON gb1902 CANCELLED AT 2024-01-13T05:35:43 ***
srun: error: gb1902: tasks 8,18: Killed
srun: error: gb1902: task 42: Killed
srun: error: gb1902: tasks 0,2,4,10,12,14,16,20,22,24,26,28,30,32,34,36,38,44,46,48,50,52,54,56,58,60,62: Killed
srun: error: gb1902: tasks 1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49,51,53,55,57,59,61,63: Killed

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